پژوهش حاضر با هدف شناسایی نشانگر های مولکولی پیوسته با ژن های کنترل کننده صفات کمی مرتبط با عملکرد و همچنین بررسی میزان پاسخ به انتخاب دوره ای در خیار (Cucumis sativus L.) با استفاده از جمعیت F2:3 در شرایط مزرعه ای انجام شد و صفات مورفولوژیکی شامل طول بوته، تعداد گل نر، تعداد گل ماده، عرض برگ، طول 15 میانگره اول، تعداد برگ، تعداد شاخه فرعی، طول دم میوه، تعداد میوه در بوته در مزرعه تحقیقاتی دانشگاه کردستان طی سه سال بررسی شدند. در این پژوهش تعداد 17 نشانگر ISSR، رتروترنسپوزون و نشانگر ترکیبی استفاده شد که در مجموع تعداد 137 آلل تولید شد که از این میان 133 مورد چند شکلی نشان دادند. نشانگرها در هشت گروه پیوستگی قرار گرفتند که در مجموع، نقشه حاصل 2288 سانتی مورگان از ژنوم خیار را تحت پوشش قرار داد که میانگین فاصله بین دو نشانگر مجاور 17/17 سانتی مورگان تخمین زده شد. برای صفات عرض برگ، تعداد شاخه فرعی و تعداد برگ QTLهای مشترک در هر دو نسل پیدا شد. نتایج این تحقیق نشان داد جمعیت اصلاحی به دست آمده با میانگین 82/39 میوه در بوته نسبت به میانگین جمعیت پایه با 91/28 میوه در بوته، 73/37 درصد افزایش یافت. در مجموع بهبود قابل ملاحظه ای در صفات مورد بررسی به ویژه صفات مربوط به عملکرد طی گزینش نتاج صورت گرفت که می توان از جمعیت حاصل به عنوان منبع ژنتیکی امیدبخش خیار برای انتخاب لاین های پرمحصول در برنامه های اصلاحی بعدی استفاده نمود. در پایان، انجام پژوهش حاضر منجر به شناسایی برخی از مکان های ژنی کنترل کننده صفات کمی در خیار شد که می تواند پس از تایید در تولید ارقام با کیفیت و پرعملکرد مورد استفاده اصلاحگران قرار گیرد.