در این مطالعه تنوع و تفاوت های ژنتیکی در بین 6 جمعیت گنجشگ خانگی شهرستان های بهبهان و سنندج بوسیله الیگونکلئوتید های (AG)9C و (GA)9C به عنوان نشانگر های بین ریزماهواره ای (ISSR) مورد بررسی قرار گرفتند. استخراج نمونه های DNA با روش بهینه یافته نمکی انجام شد. در مرحله PCR در کل 73 باند با طول 178 تا 900 جفت باز( مقدار چند شکلی: %63/98) مشاهده شد. متوسط تعداد آلل موثر ، متوسط تنوع ژنی و شاخص شانون برای کل جمعیت ها به ترتیب 448/1، 288/0 و 452/0 محاسبه شد. بیشترین چند شکلی در جمعیت کانی مشکان و کمترین در جمعیت سلمان فارسی دیده شد. بیشترین فاصله ژنتیکی بین جمعیت های تشان با سد وحدت و کمترین فاصله بین جمعیت دوشان با کانی مشکان وجود داشت. نتایج نشان دهنده کارایی این دو مارکر برای تشخیص تفاوت های ژنتیکی درون جمعیت های گنجشک خانگی می باشد.
