چکیده هدف از این پژوهش مطالعه بررسی جایگاه تاکسونومیک، ساختار و تنوع ژنتیکی در جمعیت های سنجاب ایرانی در سه استان آذربایجان غربی، کرمانشاه و کردستان با استفاده از ژن میتوکندریایی سیتوکروم b برای اولین بار بود. برای این منظور DNA لازم از بافت گوش 15 نمونه سنجاب که از سه منطقه ی روستایی دشه (شهرستان پاوه، کرمانشاه)، توژاله (شهرستان پیرانشهر، آذربایجان غربی) و گوشخانی (شهرستان مریوان، کردستان) صید شدند، استخراج شد.DNA به روش استخراج نمکی و با کمی تغییرات استخراج شد. برای تکثیر قطعه DNA به دست آمده دو آغازگر بر اساس مطالعات قبلی طراحی گردید. نتایج به دست آمده بیانگر این واقعیت بودند که نمونه های سنجاب ایرانی (Scuirus anomalus; Gmelin, 1778) متعلق به سه منطقه، گوشخانی در استان کردستان، منطقه توژاله استان آذربایجان غربی و دشه استان کرمانشاه دارای تشابه بسیار بالایی در توالی ژن سیتوکروم b بودند. به طوری که مقدار K2P به دست آمده بین نمونه های جنگل های زاگرس شمالی (001/0) کم تر از مقدار محاسبه شده درون نمونه های کشور ترکیه (006/0) بود. چهار درخت تبارشناسی شامل: اتصال همسایگی، تکامل کمینه، حداکثر پارسیمونی و حداکثر احتمال برای مقایسه توالی ها در محیط نرم افزار MEGA 6 با 1000 جای گشت ترسیم شد. در چهار درخت تبارشناسی ترسیم شده نمونه های هر سه منطقه در کنار هم و در یک خوشه مشترک قرار گرفتند که متعلق بودن این نمونه ها به یک گونه ی واحد را تأیید کردند. از طرف دیگر در هر چهار درخت تبارشناسی ترسیم شده، نمونه های سنجاب ایرانی در هر سه منطقه از جنگل های بلوط زاگرس با گونه سنجاب ایرانی (Sciurus anomalus) کشور ترکیه در یک کلاد خواهری قرار گرفتند. واژه های کلیدی: تنوع ژنتیکی، سنجاب ایرانی، ژن سیتوکروم b، ایران