جراحی مغز موش آزمایشگاهی و جداسازی نواحی مختلف آن یکی از تکنیک های بسیار کاربردی برای مطالعه بیماری های مغزی می باشد. در این مطالعه به صورت کلی نحوه درآوردن مغز رت از داخل استخوان جمجمه و سپس جداسازی نواحی مهمی از مغز شامل پیاز بویایی، قشر پیشانی، اجسام مخطط و هیپوکامپ را بررسی خواهیم کرد. با توجه به اینکه نواحی یاد شده در بیماری های مهم مغزی مانند پارکینسون، آلزایمر، اسکیزوفرنی و اعتیاد دخالت دارند، جداسازی آنها و استخراج RNA و یا پروتئین بافتی این نواحی برای مطالعات مولکولی از اهمیت خاصی برخوردار است. نتایج مطالعات بر روی این بافتها می تواند به یافتن راه حل های درمانی برای این بیماریها کمک نموده و با معرفی ژن ها و پروتئین های هدف راه را برای ساختن داروهایی با اختصاصی بودن بیشتر برای درمان هر یک از بیماری های مغزی فراهم می سازد.