میکروRNAها گروهی از RNAهای غیر کدکننده کوچک هستند که بیان ژن در یوکاریوت ها را در سطح پس از رونویسی تنظیم می کنند. میکروRNAها با تنظیم بیان تعداد زیادی از mRNAها، به عنوان تنظیم کننده های اصلی فرایندهای زیستی مختلفی مانند تکوین جنینی، تکثیر و تمایز سلولی و مرگ برنامه ریزی شده سلول عمل می کنند. بنابراین، شناسایی میکروRNAها و ژن های هدف شان در شناسایی مکانیسم های رشد و نمو و نیز فرایندهای دخیل در ایجاد و پیشرفت بیماری ها بسیار مؤثر است. به دلیل هزینه بر بودن کارهای تجربی مولکولی، شناسایی میکروRNAهای مؤثر با استفاده از روش های بیوانفورماتیکی و زیست شناسی محاسباتی ارزان تر و سریع تر از روش های معمول آزمایشگاهی است. تعدادی بانک اطلاعاتی و نرم افزار برخط برای کمک به محققان در پیش بینی ژن های هدف میکروRNAها توسعه یافته و آزادانه در دسترس قرار گرفته اند. نرم افزارهای موجود برای پیش بینی ژن های هدف میکروRNAها، از طیف وسیعی از اطلاعات توالی یابی، داده های مولکولی بیان ژن و نیز الگوریتم های محاسباتی مختلف استفاده می کنند. تعدادی از مهم ترین این ابزارهای برخط عبارت اند از: miRWalk، TargetScan، RNAhybrid، Diana-microT، miRanda و MirTarget. چهار ویژگی اصلی برهم کنش میان میکروRNA با mRNAهدف (جفت شدگی در ناحیه Seed، حفاظت شدگی توالی هدف، انرژی آزاد و دسترسی به مکان اتصال در رونوشت هدف) در الگوریتم تمامی این ابزارهای پیش بینی هدف میکروRNAها به کار گرفته شده است. هدف از این مطالعه بررسی آخرین یافته ها درباره ویژگی ها و توانایی های بیوانفورماتیکی پیش بینی ژن های هدف میکروRNA، مقایسه کارایی این ابزارها و درنهایت معرفی کارآمدترین ابزار در زمینه پیش بینی ژن هدف میکروRNAها برای تحقیقات بیوانفورماتیکی، زیست پزشکی و پزشکی مولکولی است.
