شمس الدین احمدی

مقدمه: پیش بینی میکروRNAهای مرتبط با ژنهای هدف با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی، موجب صرفه جویی در وقت و هزینه های بررسی آزمایشگاهی می شود. در این مطالعه، پیش بینی ژن های هدف میکروRNAهای مرتبط با بیماری آلزایمر توسط ابزارهای بیوانفورماتیکی مختلف با داده های تجربی گزارش شده مقایسه شد. روش: 14میکرو RNAکه بر اساس نتایج آزمایشگاهی گزارش شده در مقالات موجب تغییر در بیان 14ژن اصلی دخیل در بیماری آلزایمر شده بودند، انتخاب گردید. سپس پیش بینی ژن هدف برای هر میکرو RNAبه وسیله سه ابزار بیوانفورماتیکی شامل TargetScan، MirTarget و Diana-microT انجام شد و نتایج به دست آمده برای هر سه ابزار با توجه به ژن های هدف گزارش شده برای آنها با یکدیگر مقایسه گردید. نتایج: در بررسی 14میکرو RNAگزارش شده برای 14ژن دخیل در بیماری آلزایمر، ابزار MirTargetدر 66درصد، TargetScan در 64درصد و Diana-microTدر 12درصد از موارد اتصال میکروRNAهای مورد نظر را به ژن هدف، تأیید نمود؛ اما اتصال 11درصد از میکروRNAها به ژن های هدف، توسط هیچکدام از ابزارها تأیید نشد. نتیجه گیری: ابزارهای MirTargetو TargetScanنسبت به Diana-microT در پیش بینی ژن هدف میکروRNAهای دخیل در بیماری آلزایمر توانایی بالاتری دارند. با توجه به الگوریتم به کار گرفته شده درMirTarget این ابزار بیوانفورماتیکی در پیش بینی ژن های هدف میکروRNAها نتایج عملکردی و واقعی تری را ارائه می کند و به عنوان یک نرم ا فزار کاربردی در پیش بینی اهداف میکروRNAها توصیه می شود. همچنین می توان نتیجه گیری نمود که تغییرات بیان ژن گزارش شده با واسطه میکروRNAها در بیماری آلزایمر، در مواردی نیاز به بررسی بیشتر دارند.