رئوف قوامی زروان

در این تحقیق با استفاده از غربالگری مجازی پایگاه داده بزرگی از مولکول ها به شناسایی مهارکننده های پروتئاز اصلی SARS-CoV-2پرداخته شد. برای این منظور از ترکیبی از روش های جستجوی مبتنی بر لیگاند و پذیرنده استفاده شده است. ابتدا با استفاده از روش های مبتنی بر لیگاند در وب سرور USR در کتابخانه ای با تعداد 23129049 مولکول، به جستجوی مولکول های مشابه با مولکول های متوقف کننده پروتئاز اصلی سارس کروناویروس دو پرداخته شد. سه مهارکننده غیرکووالانسی SARS-CoV-2 Mpro، (,ML188 X77 و (G65 به عنوان مبنا برای انجام غربالگری مجازی مبتنی بر لیگاند در سایت USR مورد بررسی قرار گرفتند و برای هر کدام 100 مولکول با ساختارهای مشابه انتخاب شدند. به منظور انتخاب لیگاندهایی با خواص فارماکوکینتیک مناسب و فاقد سمیت، فیلتر کردن مولکول ها تحت وب سرور SwissADME و ProTox انجام پذیرفت. انرژی اتصال این مولکول های انتخاب شده با انرژی اتصال مولکول های فعال مقایسه شده و مولکول هایی که انرژی اتصال کم تری نسبت به این مولکول های فعال داشتند به عنوان متوقف کننده های این آنزیم معرفی شدند. در نهایت هشت ترکیب به عنوان بازدارنده های SAR-CoV-2 Mpro معرفی شدند که دوتا از آن ها شامل ZINC4092168 (انرژی اتصال: 6/8-کیلوکالری در مول)، ZINC13497421 (انرژی اتصال: 2/8- کیلوکالری در مول ) به عنوان مهارکننده های قوی SAR-CoV-2 Mpro برای انجام شبیه سازی دینامیک مولکولی انتخاب شدند. هر دو مولکول تحت شبیه‎سازی MD قرار گرفتند و نتایج نشان می دهد که آن ها کمپلکس پایدار با SAR-CoV-2 Mpro تشکیل می دهند.