بلوط ها اصلی ترین گونه درختی تشکیلدهنده جنگل های زاگرس هستند. اطلاعات درباره الگوهای طبیعی تنوع ژنتیکی از اهمیت کاربردی بالایی برای مدیریت و حفاظت پایدار از جنگل برخوردار است. در این مطالعه برای ارزیابی تمایز و تنوع ژنتیکی بین و درون هشت جمعیت بلوط ایرانی متشکل از 104 ژنوتیپ با شرایط رویشگاهی متفاوت از جنگل های ایلام، DNA ژنومی استخراج و قطعات تکثیریافته با آغازگرهای مختلف بر روی ژل 2/1 درصد مشاهده و نمره دهی شدند. از 22 آغازگر نشانگر مولکولی ISSR، 15 آغازگر نوارهای تکرارپذیر و قابل امتیازدهی تکثیر کردند. ماتریس تشابه دایس و جاکارد تجزیه و تحلیل شده و داده های حاصل تجزیه واریانس مولکولی شدند. از آغازگرهای مورد استفاده 189 نوار با 100 درصد چندشکلی تکثیر شد. تعداد آلل های تکثیرشده از این آغازگرها با میانگین 6/12 آلل از 7 تا 20 آلل متفاوت بود. همچنین دامنه اندازه قطعات تکثیریافته بین 100 تا 1800 جفت باز بود. تجزیه واریانس مولکولی نشان داد که از تنوع مولکولی آشکارشده 79 درصد مربوط به تنوع درون جمعیت ها و 21 درصد باقیمانده ناشی از تنوع بین جمعیت ها بود. یافته های این تحقیق بیانگر وجود تنوع ژنتیکی بالا در درون جمعیت های بلوط ایرانی در رویشگاه های ایلام است.
