پروانه جوانه خوار بلوط(Tortrix viridana L.) به عنوان زیان بارترین آفت درختان بلوط در جنگل های زاگرس، از طریق تغذیه از جوانه های زایای درختان خسارت سنگینی به بلوط ها وارد می کند. با وجود اهمیت کنترل آن، در رابطه با ساختار جمعیتی و تنوع ژنتیکی این آفت در سطح DNA اطلاعات کمی در دسترس است. در این مطالعه تنوع و ساختار ژنتیکی 16 جمعیت (شامل 105 ژنوتیپ) با استفاده از دو نشانگر ژنتیکی ISSR و RAPD تجزیه و تحلیل شد. با استفاده از 10 آغازگر از نشانگر ISSR در مجموع 127 نوار قابل امتیازدهی با میانگین 7/12 نوار برای هر نشانگر بدست آمد که از مجموع این نوارها تعداد 121 نوار (95 درصد) نوارهای تشکیل شده چندشکل بودند. همچنین از هشت آغازگر RAPD نیز 105 نوار با میانگین 1/13 نوار در هر آغازگر و با مجموع 99 نوار چندشکل (93 درصد) تکثیر شد. ضریب تمایز ژنتیکی بین جمعیتی (ΦSt) برآورد شده از دو نشانگر ISSR و RAPD به ترتیب برابر با 26/0 و 18/0 بود. تجزیه واریانس مولکولی داده های دو نشانگر ISSR و RAPD نشان داد که بخش عمده تنوع ژنتیکی کل مشاهده شده ناشی از تنوع ژنتیکی درون جمعیت ها است. جریان ژنی برآوردشده بین جمعیت ها بر اساس نشانگر ISSR 461/0، و بر اساس نشانگر RAPD 527/0 بود که نشان دهنده جریان ژنی ضعیفی بین جمعیت هاست. دندروگرام UPGMA مبتنی بر هر دوی سیستم های نشانگری استفاده شده جمعیت های مورد مطالعه را بدون هیچ رابطه مشخصی با فاصله جغرافیایی آنها در خوشه های مجزا گروه بندی کرد. اطلاعات این مطالعه می تواند برای پایه ریزی استراتژی های مدیریت یکپارچه این آفت در جنگل های زاگرس سودمند باشد.