تیموکینون موجود در روغن سیاهدانه یکی از ترکیبات اصلی بذر است که اثرات درمانی آن در مطالعات مختلف گزارش شده است. در این پژوهش بیان دو ژن کلیدی مسیر بیوسنتزی تیموکینون شامل 1-دیاکسی زایلوز5- فسفات ردوکتاز (DXR) و گاماترپینین سنتاز(GTS) در واکنش به تیمار متیل جاسمونات در دو اکوتیپ سیاهدانه ایرانی شامل اکوتیپ H(سمیروم) و اکوتیپ K(اقلید) بررسی شد. پس از محلولپاشی گیاه سیاهدانه در مرحله ی بذر نارس با متیل جاسمونات با غلظت 100 میکرومولار نمونه برداری در زمان های 24،12 و 48 ساعت پس از تیمار انجام شد و بیان ژن ها با استفاده از RT-qPCR بررسی گردید. بررسی ها نشان داد که بیان هر دو ژن در اکوتیپ H به صورت معنی اداری بالاتر از اکوتیپ K است. همچنین اعمال تیمار متیل جاسمونات بر میزان بیان ژن GTS در هر دو اکوتیپ تقریبا روند مشابهی را دارد و پس از کاهش بیان در ۱۲ ساعت اول به تدریج افزایش می یابد و در ۴۸ ساعت به حداکثر می رسد، این افزایش بیان در هر دو اکوتیپ نسبت به شاهد بسیار معنی دار نشان داده شده است. اما میزان بیان ژن DXR تحت اثر متیل جاسمونات روند متفاوتی را در دو اکوتیپ نشان داد. در اکوتیپی H، بیان ژن DXR به طور معنیداری نسبت به شاهد کاهش یافت و حداقل میزان بیان آن در ۴۸ ساعت پس از تیمار مشاهده شد. این در حالی است که در اکوتیپ K، بیان ژن DXR ابتدا در ۱۲ ساعت پس از تیمار بهطور معنیداری افزایش مییابد و سپس طی یک روند کاهشی در ۴۸ ساعت به سطح گیاه شاهد رسید. به طور کلی نتایج این پژوهش نشان داد که بیان ژن های GTS و DXR در مسیر بیوسنتزی تیموکینون در سیاهدانه تحت تاثیر ژنوتیپ قرار دارد، همچنین متیل جاسمونات می تواند در القای بیان این ژنها موثر باشد و این تاثیر تحت اثر ژنوتیپ و زمان قرار دارد.