مرزه سهندی Satureja sahandica، یک گیاه دارویی از خانواده نعناعیان ، بومی ایران و تنها رویشگاه آن غرب ایران است، که انواع مختلف متابولیت های ثانویه ی گیاهی از جمله ترپن ها را تولید می کند. مونوترپن های مهمی مانند تیمول و کارواکرول از اجزای اصلی تشکیل دهنده اسانس مرزه می باشند. اخیراً تلاش های زیادی درزمینه ی تولید متابولیت های ثانویه از طریق کشت ریشه های مویین گیاهان دارویی صورت گرفته است. تراریختگی به کمک آگروباکتریوم رایزوژنز پتانسیل بالایی در تولید متابولیت های ثانویه از طریق القای ریشه مویین در گیاهان دارویی دارد. به منظور بهینه سازی و تولید متابولیت های ثانویه از طریق القای ریشه های مویین در گیاه مرزه سهندی این پژوهش انجام شد. سه سویه متفاوت آگروباکتریوم رایزوژنز ATCC 15834)، A4 وLBA 9402 ) و چهار ریز نمونه مختلف گره، میان گره، برگ وکالوس در قالب طرح آزمایشی به منظور بهینه سازی القاء ریشه های مویین استفاده شد. درصد ترا ریختگی، طول و تعداد ریشه های مویین بعد از 20 روز خراش دهی و تلقیح ریز نمونه ها با سویه های آگروباکتریوم رایزوژنزاندازه گیری شدند. نتایج نشان داد که سویه های ATCC 15834) ، A4 وLBA9402 ) رﻳﺸﻪ ﻫﺎی ﻣﻮﻳﻴﻦ را در ریز نمونه های گره و میانگره اﻟﻘﺎ نمودند و سویه LBA 9402 تنها در القای ریشه مویین در یک ریز نمونه کالوس موثر بود. بررسی های بیشتر نشان داد که ریز نمونه گره واکنش بهتری به القاء ریشه زایی داشت، به علاوه سویه LBA9402 منجر به بالاترین درصد تراریختگی و بیشترین القاء تعداد و طول ریشه های مویین گردید. تراریخته بودن ریشه های مویین با استفاده از پرایمرهای اختصاصی ژن rolB به کمک PCR تأیید شد. به طورکلی نتایج این بخش نشان داد که نوع سویه باکتریایی و نوع ریزنمونه می توانند اثرات متفاوتی در تولید ریشه مویین داشته باشند. اثر تیمارهای متیل جاسمونات و آمونیوم نیترات در راستای افزایش زیست توده ریشه های مویین و تولید تیمول بررسی شدند. عصاره گیری از ریشه های مویین و محیط کشت به ترتیب با استفاده از حلال "ان هگزان" و "اتیل استات" صورت گرفت. اندازه گیری میزان تیمول با روش های TLC و GC تعیین گردید. ترکیبات متیل جاسمونات و آمونیوم نیترات به کار رفته منجر به تغییر در تولید زیست توده و میزان تیمول گردیدند. به طورکلی نتایج اندازه گیری تیمول نشان داد که ریشه های مویین القا