1403/02/16
مهدی ایرانی

مهدی ایرانی

مرتبه علمی: دانشیار
ارکید:
تحصیلات: دکترای تخصصی
اسکاپوس: 25630519900
دانشکده: دانشکده علوم پایه
نشانی: سنندج، بلوار پاسداران، دانشگاه کردستان، صندوق پستی 416- کدپستی: 15175-66177
تلفن: +989128018046

مشخصات پژوهش

عنوان
شبیه سازی دینامیک مولکولی آنزیم لیپاز B با آمینو اسیدهای اکسید شده
نوع پژوهش
طرح پژوهشی خاتمه یافته
کلیدواژه‌ها
دینامیک مولکولی، آمینو اسید اکسید شده، اپواکسیداسیون، لیپاز، جهش نقطه ای
سال 1392
پژوهشگران مهدی ایرانی

چکیده

در این کار، شبیه سازی دینامیک مولکولی بر روی آنزیم لیپاز B از باکتری کاندیدا آنتارکتیکا برای حالت طبیعی و حالتهایی از آنزیم که در آن یک یا دو آمینو اسید اکسید شده باشند، انجام گرفت. در آمینو اسیدهای اکسید شده، متایونین به متایونین سولفاکسید ، سیستئین به سیستئیک اسید و تریپتوفان به 5-هیدروکسی تریپتوفان اکسید می شود. در این کار، اثر این اکسید شدنها روی ساختار عمومی پروتئین و ساختار محلی اطراف آمینو اسیدهای اکسید شده و همچنین روی سایت فعال آنزیم بررسی شد. نتایج شبیه سازی دینامیک مولکولی نشان داد که اکسید شدن متایونین و تریپتوفان اثر محدودی در ساختار پروتئین می گذارند ولی اکسید شدن سیستئینها که باعث شکستن پل دی سولفید نیز می شود باعث تغییرات زیاد در ساختار پروتئین می شود. همچنبن نشان داده شد که فقط اکسیدهای Cys-22/64 و Cys-216/258 باعث تغییرات عمده در ساختار سایت فعال آنزیم می شوند. شبیه سازی روی چهار گونه جهش یافته (M83I، M129L، W155Q و M72S) از آنزیم انجام گرفت. نتایج شبیه سازی برای حالات جهش یافته تغییر عمده ای در ساختار کلی و ساختار سایت فعال آنزیم نشان نمی دهد.