محمد حاجی زاده

ویروس چروکیدگی توت فرنگی (Strawberry crinckle virus; SCV) متعلق به جنس Cytorhabdovirus، خانواده Rhabdoviridae و راسته Mononegavirales می باشد. پس از ردیابی این ویروس از استان کردستان، در این تحقیق تنوع ژنتیکی آن بر اساس ژن پروتئین حرکتی آن (P3) مورد بررسی قرار گرفت. برای این منظور، ژن پروتئین حرکتی SCV از 20 گیاه توت فرنگی آلوده تکثیر، همسانه سازی و تعیین توالی شدند. نتایج حاکی از وجود 18 هاپلوتیپ با 729 نوکلئوتید و 243 آمینواسید بود. این توالی ها دارای 77/98 تا 86/99 درصد تشابه نوکلئوتیدی در سطح نوکلئوتیدی و 5/97 تا 100 تشابه در سطح آمینواسیدی هستند. آنالیز فیلوژنتیکی با استفاده از این توالی ها و دو توالی پیشین این ژن از کشور چک حاکی از دو وجود دو گروه اصلی فیلوژتیکی و دو زیر گروه در گروه اول بود. نسبت های کم جانشینی مترادف به غیر مترادف (dN/dS) در ژن پروتئین حرکتی این ویروس بیانگر این نکته است که انتخاب منفی نقش عمده را در تکامل این ژن بازی کرده است. همچنین سه کدون 3، 5 و 213 به عنوان کدون های با فشار انتخاب مثبت شناسایی شدند. بررسی نوترکیبی با نرم افزار RDP v.4.63 نیز نشان داد که در ژن پروتئین حرکتی جدایه های مورد مطالعه در این تحقیق نوترکیبی اتفاق نیافتاده است. این اولین مطالعه از بررسی تنوع ژنتیکی SCV در دنیا می باشد.