هدف از این پژوهش، بررسی ارتباط صفات کیفی مرغان بومی استان کردستان با دو مارکر ریزماهواره ای LEI0258 و MCW0039 بود. در این تحقیق از تخم مرغ های جمع آوری شده از 96 قطعه مرغ استفاده شد. صفات کیفی مورد بررسی تخم مرغ شامل وزن تخم، شاخص شکل، استحکام پوسته، وزن زرده، وزن آلبومین، وزن پوسته، ضخامت پوسته، شاخص زرده، درصد پوسته، درصد آلبومین، درصد زرده، واحد هاو، راندمان وزنY/A و رنگ زرده بود. میانگین های صفات بترتیب 51.29 گرم، 74.38 درصد، kg/cm2 20.86، 16.35گرم، 28.88گرم، 6.13گرم، 0.43 میلی متر، 40.38 درصد، 11.86 درصد، 56.17 درصد، 31.93 درصد، 75.7، 56.71 درصد و 8.81 بدست آمد. DNA ژنومی از پوست تخم با استفاده از روش فنل کلروفرم استخراج شد. با استفاده از واکنش زنجیره ای پلی مراز قطعاتی به طول 352-146 جفت باز با 18 آلل و 30 ژنوتیپ برای مارکر LEI0258 و 160-130 جفت باز با 10 آلل و 16 ژنوتیپ برای مارکر MCW0039 تکثیر شد. بیشترین محتوای اطلاعات چند شکلی(PIC) و هتروزیگوسیته مورد انتظار ((H_e مربوط به ریزماهواره LEI0258 به ترتیب با میانگین های 0.88 و 0.89 بود. مارکر LEI0258 ارتباط معنی داری با وزن تخم، شاخص شکل، وزن آلبومین، وزن پوسته، درصد پوسته، درصد آلبومین و رنگ زرده داشت. مارکر MCW0039 جز برای رنگ زرده و رنگ پوسته ارتباط معنی داری با صفات مورد بررسی نداشت. نتایج حاصل از این مطالعه نشان داد که چند شکلی های مشاهده شده در جایگاه LEI0258 ارتباط معنی داری با صفات تولیدی داشتند و می توان از این مارکر ریزماهواره ای در برنامه های اصلاح نژادی استفاده کرد.