زنبورهای عسل در سراسر جهان انتشار یافتهاند و نقش مهمی در گردهافشانی، حفظ تنوع گیاهی، افزایش محصولات کشاورزی و پایداری محیط زیست ایفا میکند. بنابراین شناسایی و بررسی تنوع در جمعیتهای زنبورعسل از اهداف مهم برای اصلاح نژاد، توسعه ژنتیکی، حفظ جمعیتها و سازگاری با متغییرهای زیست محیطی میباشد. لذا از ژنهای میتوکندریایی 16s rRNA ،12s rRNA و COI که از بانک ژن NCBI به دست آمد و عکس بالهای جلوی سمت راست که از بانکOberursel آلمان گرفته شد. جهت بررسی تنوع 9 گونه زنبور عسل A. nuluensis، A. koschevnikovi، A. florea، A. andreniformis، A. dorsata ، A. laboriosa، A. mellifera ، A. nigrocincta و A. cerana جنس Apis استفاده شد. توالیهای ژنی هرگونه به طور جداگانه در نرم افزارMEGAs v. 10. 2. 205 وارد و همتراز شدند سپس برای یافتن مدل مناسب درJMODELTEST 2.1.7 وارد شدند. درختان فیلوژنتیک با استفاده از نرم افزار PAUP و MrBayes 3.2 بر اساس روش Parsimony و بیزی استنباط شدند . فاصله و پارامترهای تنوع ژنتیکی نیز با استفاده ازMEGA 10.2.5 وdnaSPv.5 محاسبه شد. برای بررسی-های مورفومتریک هندسی، نیز از 20 لندمارک روی بال جلوی زنبورعسل استفاده شد. تمامی تصاویر بال جلو سمت راست، در نرم افزار TpsUtil v. 1. 53 و TpsDig v. 2. 17 وارد شد. 20 عدد لندمارکهای انتخابی دیجیتالی شدند و وارد نرم افزار Morphoj v. 1. 06شدند. در نهایت، کلادوگرام با استفاده از روش UPGMA در SAS v.8 ترسیم شد. استفاده از توالی 12s rRNA + 16s rRNA در هر دو روش Parsimony وBayesian توانست روابط فیلوژنتیکی بین گونههای زنبور عسل را حل کند. کلادوگرام حاصل از مورفومتریک هندسی نیز، زنبورهای عسل را در سه گروه، گروه اول زنبورهای کوچک، گروه دوم زنبورهای بزرگ و گروه سوم زنبورهای عسلساکن حفره تقسیم کرد. حداکثر تعداد سایتهای اطلاعاتی12s rRNA + 16s rRNA (I = 212)و ناحیه ژنی COI بیشترین تعداد هاپلوتیپ(H=20) شناسایی کرد. حداکثر فاصله ژنتیکی در ارزیابی ژنتیکی و مورفومتریک بین گونههای A. mellifera و A. andreniformis به ترتیب با مقدار (146/0) و (21.80)مشاهده شد. در پژوهش حاضر، روش مورفومتریک هندسی مشابهترین نتایج را در رابطه گونهها با ژنهای s rRNA + 16s rRNA 12 ارائه کرد.