در فرایند اهلی سازی یک گیاه دارویی، ارزیابی تغییرات کمی و کیفی ماده مؤثره ضمن انتقال از رویشگاه طبیعی به مزرعه، امری ضروری است. آویشن دنایی(Thymus daenensis Celak.) از گیاهان دارویی باارزش اندمیک ایران است که به لحاظ دارا بودن اسانس بالا از اهمیت ویژه ای برخوردار است. در این مطالعه کمیت و کیفیت اسانس سه اکوتیپ از استان های همدان، مرکزی و لرستان در شرایط رویشگاه طبیعی و مزرعه ارزیابی شد. اندام هوایی نمونه گیاهان از رویشگاه های مختلف طبیعی و مزرعه در تیرماه 1391 1392 در مرحله ی تمام گل برداشت گردید. سپس اسانس گیری از آنها با روش تقطیر با آب به کمک دستگاه کلونجر انجام گرفت و اسانس ها توسط دستگاه های GC و GC/MS آنالیز شدند. نتایج نشان داد که میزان اسانس اکوتیپ ها در رویشگاه طبیعی اختلاف معنی داری با هم داشتند ولی در شرایط کشت در مزرعه این اختلاف معنی دار نبود. درصد اسانس اکوتیپ استان همدان در شرایط مزرعه بیشتر از شرایط رویشگاه طبیعی بود ولی در دو اکوتیپ دیگر میزان اسانس در رویشگاه طبیعی بیشتر از مزرعه بود. ترکیبات تشکیل دهنده ی اسانس در همه ی اکوتیپ ها هم در شرایط رویشگاه و هم در شرایط مزرعه تقریباً مشابه بود، اما در نوع ترکیبات غالب و نیز میزان آنها در اکوتیپ های مختلف در شرایط رویشگاه و مزرعه تفاوت هایی مشاهده شد. در مجموع بیشترین میزان اسانس (5 درصد) و تیمول (45/75 درصد) در اکوتیپ های مرکزی و لرستان تحت شرایط رویشگاه طبیعی مشاهده گردید. همانطور که نتایج نشان داد درصد اسانس و تیمول آویشن دنایی به شدت تحت تأثیر شرایط رویشگاهی بود و لذا مطالعه و تعیین مناسب ترین محیط کشت ثانویه جهت اهلی سازی این گیاه امری ضروری است.