ارزیابی تنوع جمعیت های مختلف یک گونه گیاه وحشی از نخستین و مهمترین گام های اهلی سازی و اصلاح نژاد آن می باشد. گیاه دارویی آویشن دنایی (Thymus daenensis Celak.) از گیاهان اندمیک ایران بوده که به لحاظ درصد اسانس و نیز تیمول بالای آن از اهمیت ویژه ای برخوردار بوده و لذا ارزیابی جمعیت های مختلف آن در راستای اهلی سازی این گونه گیاهی امری ضروری به نظر می رسد. بدین منظور در این پژوهش از 13 آغازگر ISSR جهت بررسی تنوع درون و بین جمعیتی هشت جمعیت از این گیاه شامل ملایر 1، ملایر 2، اراک، خانه میران بالا، خانه میران پائین، زاغه و شازند استفاده گردید که در مجموع 293 باند ایجاد نمودند. محتوای اطلاعات چندشکلی (PIC) محاسبه شده برای آغازگر ها از 08/0 تا 15/0 متغیر بود. تنوع درون جمعیت ها بسیار بیشتر از تنوع بین جمعیت ها بود، طوریکه 98 درصد واریانس مربوط به درون جمعیت ها و تنها 2 درصد مربوط به بین جمعیت ها بود. فاصله ژنتیکی جمعیت ها ارتباط نزدیکی با فاصله جغرافیایی آنها نداشت. جمعیت جوزان دارای بیشترین و جمعیت شازند دارای کمترین تنوع بر اساس شاخص PIC بودند. بیشترین فاصله ژنتیکی بر اساس شاخص نی بین دو جمعیت شازند و خانه میران پایین و بیشترین تشابه ژنتیکی بین جمعیت ملایر 1 با جوزان و خانه میران بالا مشاهده شد که می تواند در اهلی سازی و اصلاح نژاد آویشن دنایی حائز اهمیت باشد.
