یکی از مشکلات مهم باغات میوه از جمله گردو و مو در دنیا بیماری های قارچی می باشند که توسط مجموعه ای از قارچ ها ایجاد می شوند. به منظور مطالعه و شناسایی قارچ های مرتبط با لکه برگی، شانکر، سرشاخه میری، زوال و پوسیدگی میوه در گردو و مو در تابستان و پاییز سال های 1391-1392 از باغات گردو و تاکستان های مناطق مختلف استان کردستان با علائم مذکور نمونه برداری صورت گرفت. در این بررسی بیش از 500 نمونه جمع آوری شد. جداسازی و خالص سازی جدایه ها به روش تک اسپور و یا با قرار دادن قطعه ای از بافت آلوده ضدعفونی شده روی محیط کشت PDA انجام شد. حدود 500 جدایه قارچ به دست آمد که شناسایی آنها براساس ویژگیهای مورفولوژیکی و فیزیولوژیکی انجام شد و در صورت نیاز و جهت تایید شناسایی مورفولوژیکی از توالی نواحی ITS، بتاتوبولین یا ترکیب این دو ناحیه از ژنوم استفاده شد. جدایه های به دست آمده از گردو در 6 جنس Alternaria، Botryosphaeria، Cladosporium، Cytospora، Neomarssoniella و Phoma و 11 گونه قرار گرفتند.از این تعداد 8 گونه قبلا از ایران گزارش شده اند. شناسایی گونه های متعلق به Cladosporium و Phoma نیاز به مالعات تکمیلی دارد. مهمترین بیماری مشاهده شده در تاکستان های استان بیماری زوال ناشی از اسکا بود که جدایه های به دست آمده از باغات با علائم اسکا در 15 جنس و 25 گونه قرار گرفتند. گونه های Bionectria ochroleuca، Cadophora malorum، Neoscytalidium novaehollandiae و Peyronellaea pinodella برای اولین بار از ایران گزارش می شوند و تعداد 6 گونه متعلق به جنس های Acremonium (1 گونه)، Phoma (2 گونه) و Seimatosporium (3 گونه) نیز براساس داده های موجود با تاکسون های توصیف شده تفاوت داشته که در آینده به عنوان گونه های جدید برای فلور قارچی دنیا به صورت رسمی نامگذاری و معرفی خواهند شد. علاوه بر گونه های شناسایی شده بیش از 100 جدایه Cytospora نیز از مو جداسازی شد که فقط در حد جنس شناسایی شدند. در مجموع براساس نتایج این تحقیق در استان کردستان مهمترین بیماری ها در گردو آنتراکنوز و شانکر سیتوسپورایی و در مو اسکا می باشند.