برآورد دقیق بار معلق رودخانه ها در طراحی و بهره برداری پروژه های آبی مهم است. تخمین میزان رسوبات با روش های مرسوم مانند منحنی سنجه نتایج دقیقی را دربر ندارد. در این پژوهش مدل برنامه ریزی بیان ژن که شکل توسعه یافته برنامه ریزی ژنتیک است، برای تخمین میزان رسوبات معلق به کار گرفته شد. از نتایج حاصل از این مدل با نتایج مدل های فازی- عصبی، شبکه های عصبی و منحنی سنجه مقایسه شد. در این راستا، داده های جریان رودخانه و رسوبات معلق در ایستگاه ونیار واقع بر روی رودخانه آجی چای در استان آذربایجان شرقی استفاده شد. پارامترهای آماری ریشه میانگین مربعات خطا RMSE) ) و ضریب تعیین (R2) برای ارزیابی دقت مدل ها استفاده شدند. نتایج حاصله نشان از عملکرد بهتر مدل برنامه ریزی بیان ژن در مقایسه با سایر مدل های مورد استفاده بود. برای داده های دوره آزمون اختلاف نسبی بین RMSE مدل برنامه ریزی بیان ژن با مدل های فازی- عصبی از نوع افراز شبکه، فازی- عصبی از نوع دسته بندی تفریقی، شبکه های عصبی و منحنی سنجه به ترتیب برابر 8، 10، 13 و 21 درصد بود. همچنین به ازای بهترین الگوی مورد استفاده در مدل، مقدار R2 برای مدل برنامه ریزی بیان ژن، فازی- عصبی از نوع افراز شبکه، فازی- عصبی از نوع دسته بندی تفریقی، شبکه های عصبی و منحنی سنجه به ترتیب برابر 93 / 0، 84 / 0، 88 / 0، 86 /0 و 0/81 به دست آمد.