موسیر (Allium hirtifolium Boiss) یکی از گیاهان دارویی و خوراکی با اهمیت در ایران است؛ که به دلیل برداشت بیرویه از طبیعت، در معرض خطر قرار دارد. ارزیابی تنوع ژنتیکی و فنوتیپی این گونه، گامی کلیدی در راستای حفاظت و بهنژادی آن محسوب میشود. این پژوهش، با هدف بررسی تنوع ژنتیکی و فنوتیپی 96 ژنوتیپ موسیر انجام شد. ارزیابی تنوع ژنتیکی با استفاده از 20 نشانگر چندشکل رتروترانسپوزونیIRAP (Inter-Retrotransposon Amplified Polymorphism) و تنوع فنوتیپی با اندازهگیری صفاتی همچون تعداد برگ، وزن اولیه و نهایی پیاز انجام گرفت. از میان 260 نوار تولیدشده توسط نشانگرهای IRAP، 214 نوار (31/82 درصد) چندشکل بودند. میانگین شاخصهای تنوع ژنتیکی شامل هتروزیگوسیتی مورد انتظار (34/0 =He )، شاخص اطلاعاتی شانون (49/0 = I) و محتوای اطلاعات چندشکلی (27/0 =PIC ) برآورد شدند؛که نشاندهندهی سطح متوسط تا بالای تنوع ژنتیکی در جمعیت مورد مطالعه است. ژنوتیپهای موسیر بر اساس تجزیه ساختار جمعیت، در پنج زیرجمعیت مختلط دستهبندی-شدند. بر اساس تجزیه واریانس مولکولی (AMOVA)، 95 درصد تنوع ژنتیکی در درون زیرجمعیتها و پنج درصد در بین جمعیتها وجود داشت و تنوع بین زیرجمعیتها نیز معنیدار بود. تجزیه خوشهای برمبنای صفات فنوتیپی و روش وارد، ژنوتیپها را در پنج گروه مجزا دستهبندی نمود و بین ژنوتیپها از نظر صفات فنوتیپی تفاوت معنی دار وجود داشت. اما، ژنوتیپهای موسیر بر اساس تجزیه به مولفههای اصلی (PCA) ، بر اساس دادههای فنوتیپی استاندارد شده به چهار دسته تقسیمشدند؛ دو مؤلفهی اول بهترتیب 40/73 و 20/20 درصد تغییرات فنوتیپی را تبیین کردند. آزمون همبستگی مانتل نیز ارتباط مثبت و معنیداری بین ماتریسهای ژنتیکی و فنوتیپی وجود داشت؛ که بیانگر ارتباط مثبت بین تنوع ژنتیکی و فنوتیپی در موسیر است. یافتههای این پژوهش میتواند به عنوان پایهای برای برنامههای حفاظت از ذخایر ژنتیکی و بهنژادی هدفمند این گونه ارزشمند مورد استفاده قرار گیرد.