بیماری لکهنواری باکتریایی(BLS)، ناشی از باکتری Xanthomonas translucens pv. undulosa، از بیماریهای مهم و در حال گسترش گندم در ایران است. بهنژادی و کشت ارقام مقاوم، کارآمدترین راهکار کنترل این بیماری، محسوب میشود. در این پژوهش، 360 ژنوتیپ گندم نان، طی دو سال زراعی متوالی 1398-1397 و 1399-1398در مزرعه، در قالب طرح بلوکهای کامل تصادفی در سه تکرار و در گلخانه (سال 1398) در قالب طرح کاملاً تصادفی در سه تکرار ارزیابی شدند. ژنوتیپها، از نظر مقاومت نسبت به BLS و10 صفت مورفوفنولوژیک شامل ارتفاع بوته، طول پدانکل، طول سنبله، عرض برگ پرچم، تعداد دانه در سنبله، روز تا گلدهی و رسیدگی، دورهی پر شدن دانه، طول ریشک و تعداد گره مورد بررسی قرار گرفتند. همچنین، تجزیههای ژنتیکی در یک جمعیت متشکل از 200 ژنوتیپ منتخب، با استفاده از 52 نشانگر توالیهای تکراری ساده (SSR)، انجام شد. شاخصهای ارزیابی بیماری، شامل درصد وقوع (PDI) و درصد شدت بیماری (PDS) در مزرعه و شدت بیماری (DS) در گلخانه، مورد بررسی قرارگرفتند. ژنوتیپهای مورد بررسی از نظرهمهی صفات مذکور دارای تنوع معنیداری در هر دو سال بودند. اثر متقابل ژنوتیپ-سال برای BLS، معنیدار و در هر سال، ژنوتیپهای مقاوم نسبت به ژنوتیپهای حساس، متداولتر بودند. در مجموع، 46 ژنوتیپ (8/12 درصد)، مقاومت پایدار در مزرعه و گلخانه، داشتند. با تجزیهی خوشهای حرارتی و مؤلفههای اصلی، براساس کل صفات مورفوفنولوژیک، ژنوتیپهای گندم به گروههای مقاوم، نیمهمقاوم، نیمهحساس و حساس تقسیم شدند. با تجزیهی ارتباطی براساس مدلهای GLM و MLM، چندین QTL با اثرات کوچک تا متوسط برای شاخصهای ارزیابی BLS شناسایی شدند، که میتواند نشاندهندهی ماهیت چندژنی مقاومت باشد. مکانهای ایجادکنندهی مقاومت پایدار و معنیدار براساس معیار بونفرونی، مانند QTLهای مرتبط با نشانگرهای Xwmc289 (5BL) و Xcfa2134 (3BL)، با ضریب تبیین 12-10 درصد در مزرعه شناسایی شدند. در مقابل، QTLمرتبط با نشانگر Xgwm194، روی کروموزوم 4DL، نیز بهطور پایدار، با افزایش حساسیت نسبت به بیماری همراه بود. جایگاههای کروموزومی 1AS، 2BL، 4BL، 3BL، 5BL و 7BS در ایجاد مقاومت و جایگاههای، 4DL و 7AL در ایجاد حساسیت نسبت به BLS در مزرعه، دخیل بودند. در گلخانه نیز، مکانهای کروموزومی 4BS، 7AL، 2AS و 3BS در افزایش مقاومت و مکان کروموزومی 4DL در افزایش حساسیت نسبت به BLS نقش داشتند. در گلخانه، QTL معنیدار براساس معیار بونفرونی مرتبط با نشانگر Xwmc522 (2AS) با ضریب تبیین 10 درصد، نقش بیشتری در افزایش مقاومت داشت. تعدادی QTL مرتبط با ده صفت مورفوفیزیولوژیک نیز شناسایی شدند. همچنین، همپوشانی ژنتیکی بین برخی QTLهای مقاوم نسبت به BLS و صفات مورفوفنولوژیک مشاهده شد، که میتواند نشاندهندهی پیوستگی و یا اثرات پلیوتروپیک اینQTL ها باشد. بنابراین، اصلاح همزمان برای مقاومت کمی، فنولوژی مطلوب و معماری مناسب بوته میتواند راهبردی مؤثر و پایدار برای مدیریت BLS باشد. نشانگرهای SSR مرتبط با صفت مقاومت و پایدار و ژنوتیپهای مقاوم شناسایی شده میتوانند در انتخاب به کمک نشانگر (MAS)، انباشت QTLهای مقاومتی و بهنژادی جمعیت گندم از نظر مقاومت نسبت به BLS و یا سایر خصوصیات مورفوفنولوژیک سودمند باشند.