در این مطالعه، تنوع ژنتیکی در بین 67 رقم بومی و اصلاح شده گندم نان رایج در ایران و هم چنین، سه رقم گندم دوروم با استفاده 20 آغازگر ITAP بررسی شد. از مجموع 326 امپلیکون تکثیر شده 291 امپلیکون، چند شکل بودند. میزان درصد چند شکلی آغازگرها از 59/70 تا 100 درصد متغیر بودند. متوسط شاخص های تنوع ژنتیکی شانون، هتروزیگوتی مورد انتظار، اطلاعات چند شکلی، تعداد آلل های متفاوت و تعداد آلل های مؤثر به ترتیب برابر با 462/0، 310/0، 247/0، 898/1 و 535/1 برآورد شدند. تجزیه ساختار جمعیت با استفاده از روش بیزین و داده های ITAP انجام و بر این اساس، جمعیت به شش زیر جمعیت تقسیم بندی شد. این زیر جمعیت ها با توجه به منطقه جغرافیایی، تیپ رشدی و والدین مشترک از هم تفکیک شدند. زیر جمعیت های اول تا ششم به ترتیب، 90، 25/31، 76/30، 07/23 و 28/14 درصد ژنوتیپ ها با شجره ژنتیکی مطابقت داشتند و دارای یک یا دو والد مشترک بودند. نتایج نشان داد که نشانگر ITAP در شناسایی تنوع ژنتیکی جمعیت های گندم به طور کارآمد و مؤثر عمل می کند