در این مطالعه، تنوع ژنتیکی در بین 67 رقم بومی و اصلاح شده گندم نان رایج در ایران و هم چنین، سه رقم گندم دوروم با استفاده از 20 آغازگر SCoT بررسی شد. از مجموع 351 امپلیکون تکثیر شده 329 امپلیکون، چند شکل بودند. متوسط درصد چند شکلی 62/93 و میانگین محتوای اطلاعات چند شکلی(PIC) در کل ژنوتیپ های مورد استفاده برابر با 276/0 برآورد شدند. متوسط شاخص های تنوع ژنتیکی شانون، شاخص هتروزیگوتی مورد انتظار، تعداد آلل های متفاوت و آلل های مؤثر به ترتیب برابر با 350/0، 237/0، 515/0، 937/1 و 621/1 محاسبه شدند. ساختار جمعیت با استفاده از روش بیزین و داده های ژنتیکی SCoT مورد بررسی قرار گرفت. براین اساس، جمعیت به پنج زیرجمعیت تقسیم بندی شد. این زیرجمعیت ها با توجه به منطقه جغرافیایی، تیپ رشدی و والد مشترک از هم تفکیک شدند. در زیرجمعیت اول 25 درصد ژنوتیپ ها دارای یک والد مشترک و زیرجمعیت های دوم تا پنجم به ترتیب، 62/47، 77/30، 18/18 و 60 درصد با شجره ژنتیکی مطابقت داشتند. نتایج نشان داد که نشانگر SCoT به طور کارآمد و مؤثری می تواند در بررسی تنوع ژنتیکی جمعیت های گندم مورد استفاده قرار بگیرد.