گوانوها از منابع مهم مواد آلی در غارها محسوب می شوند. میکروارگانیسم ها، مواد ارگانیک موجود در گوانو را تجزیه و منجر به پدید آمدن گازهای سمی CO2، H2S، NH3 در هوای داخل غار و اسیدهای آلی و معدنی در نهشته های گوانو می شوند. آبشویی رسوبات گوانو به وسیله محلول های اسیدی سبب تغییر فراوانی عناصر در گوانو و تغییر شیمی آب داخل غار می شود. آب های اسیدی پدید آمده همچنین منجر به انحلال سنگ های کربناته بستر غار و تغییر سطح ایستابی آب های زیر زمینی، با ریزش کف غار، و خشک شدن چشمه های پیرامون غار در منطقه می گردند. چشمه های کارستی تامین کننده آب آشامیدنی تعداد زیادی از مردم است. عبور آب از گوانوها سبب نامناسب شدن آب چشمه ها در منطقه می شود. آنالیز نمونه آب چشمه های نزدیک چنین غارهایی نشاندهنده بالا بودن غلظت بیش از حد استاندارد Ni، NO3-، As، Pb و آلودگی میکروبی در این نمونه ها است. این آلودگی ها خطرات قابل توجهی برای سلامت انسان و حیوانات به همراه دارند.
