میزان تولید ضایعات و پسماند محصولات کشاورزی در ایران بسیار بالا بوده که با توجه به ترکیب آن ها به منابع مناسبی برای تولید اتانل تبدیل شده اند. ملاس یکی از فراوان ترین و ارزان ترین منابع کربن در دسترس و قابل استفاده برای تولید اتانول می باشد که با این کاربرد علاوه بر جلوگیری از ورود آن به طبیعت، محصولی به دست می آید که یک سوخت پاک و سازگار با طبیعت به حساب می آید. هدف اصلی این تحقیق تولید اتانول از بیومس به عنوان یک سوخت زیست محیطی و پاک می باشد. سنتز زیستی اتانول توسط مخمر Saccharomyces cerevisiae PTCC5010 و با استفاده از ملاس نیشکر به عنوان سوبسترا، با روش ناپیوسته انجام شد. در این روش تخمیر در دمای محیط (C° 25) و با pH 5/4 انجام شد. در سیستم ناپیوسته تولید اتانول، از غلظت های10، 20، 30، 40 و gl-1 50 ملاس به عنوان منبع کربن جهت تخمیر استفاده گردید. محصول تولیدی با افزایش غلظت ملاس افزایش یافته و بیشترین مقدار آن در فرآیند تخمیر پس 36 ساعت و با مصرف 27/93% از قند کل موجود در ملاس gl-1 50 به میزان g ethanol/l molasses 3/9 و همچنین بیشترین میزان بازده تولید اتانول g ethanol/g total sugar 24/0 بود. در این سیستم بیشترین میزان تولید بیو مس molasses g CDW/l15/5 و همچنین بیشترین میزان بازده وزن خشک سلولی g CDW /g total sugar18/0 به دست آمد. نتایج نشان می دهد که سوبسترای به کار رفته می تواند از تولید یک سوخت زیستی پایدار حمایت کند و قابل رقابت با کلیه سوخت های تولید شده از بیومس های پر هزینه تر باشد. همچنین به دلیل پایین بودن میزان آلودگی ناشی از احتراق آن می تواند جایگزین مناسبی برای سوخت های فسیلی باشد.