جریان رودخانه ها به دلیل احداث سدتحریف می یابند که این امر باعث ایجاد تغییراتی در خصوصیات طبیعی رودخانه می شود. بنابراین آگاهی از کیفیت منابع آبی پس از احداث سد در حفظ و نگهداری و مدیریت این منابع بسیار حائز اهمیت است. تاکنون مطالعات زیادی در رابطه با ارزیابی کیفیت آب در سراسر جهان صورت گرفته است. مدل های شاخص کیفیت آب یکی از ابزارهای محبوب برای ارزیابی کیفیت آب هستند. این پژوهش باهدف ارزیابی کیفیت آب رودخانه های بالادست و پایاب سد آزاد با استفاده از شاخص هایDSWQI، WJWQI، OWQI و NSFWQI، همچنین بررسی روند تغییرات در خصوصیات فیزیکی و شیمیایی این رودخانه و در نهایت انتخاب بهترین شاخص با استفاده از روش جیل جانویک در ارزیابی کیفیت آب انجام شده است. ایستگاه های موردبررسی در این پژوهش شامل 4 ایستگاه است که دو ایستگاه بر روی رودخانه های باقل آباد و کوماسی در بالادست و یک ایستگاه بر روی رودخانه آزاد در پایاب سد و شویشه به عنوان نمونه شاهد است. نتایج نشان داد که بر اساس شاخص NSFWQI کیفیت آب رودخانه های باقل آباد، کوماسی، شویشه متوسط و پایاب سد آزاد خوب است. بر اساس شاخص OWQI کیفیت هر 4 ایستگاه بسیار بد و بر اساس DSWQI کیفیت هر 4 ایستگاه متوسط و بر اساس شاخص WJWQI کیفیت ایستگاه کوماسی، باقل آباد و شویشه در حد متوسط و پایاب سد آزاد دارای کیفیت نسبتاً خوب است. براساس مقادیر میانگین سالانه پارامترهای فیزیکی و شیمیایی احداث سد تاثیر مثبتی در افزایش کیفیت آب داشته است که این تاثیر مقطعی بوده و همچنین بر اساس روش جیل جانویک شاخص NSFWQI به عنوان بهترین شاخص در نشان دادن کیفیت آب معرفی شد.
