کشاورزی پایدار، علاوه بر توجه به مسایل اقتصادی، نیازمند توجه به مسایل زیست محیطی است. در زهکشی مسایل مهم محیط زیست عبارتند از: رسوب گذاری، شوری مجدد خاک، شوری زه آب آبیاری، انتقال و تجمع نیترات ها، فسفر، بقایای حشره کش ها، علف کش ها و عناصر کمیاب. نگرشی معقولانه تر به مسایل زهکشی و محیط زیست در جهان در حال شکل گیری است. بر اساس این نگرش طراحی زهکشی باید به شیوه ای انجام گیرد که ضمن افزایش تولیدات کشاورزی، شاخص های زیست محیطی نیز بهبود یابد بعبارتی مدیریت سیستم های زهکشی که با معیارهای رایج طراحی شده اند و در حال بهره برداری می باشند و نیز طراحی سیستم های زهکشی جدید، باید به گونه ای باشد که حجم زه آبها و غلظت عناصر و نمک های موجود در آن به حداقل مقدار ممکن برسد. بازنگری معیارهای طراحی زهکشی در جهت کاهش عمق زهکش ها، مدیریت سطح ایستابی در جهت کنترل غلظت آلاینده ها، جلوگیری از خروج زه آبها در دوره های زمانی خاص به منظور آبیاری زیر زمینی و همچنین مشخص کردن مناطقی که بیشترین سهم در آلودگی را دارند از جمله ملاحظاتی است که می تواند به عنوان مسایل زیست محیطی در طراحی و مدیریت شبکه های زهکشی الحاظ شوند. در این مقاله ابتدا بطور مختصر به مبانی طراحی زهکش های زیر زمینی به ویژه پارامترهای موثر بر کیفیت و کمیت زه آب ها پرداخته و سپس به بیان نتایج تحقیقات صورت گرفته در نقاط مختلف جهان در این زمینه پرداخته شده است و در نهایت پیشنهادهایی جهت مطالعه و اجرای طرحهای آب و خاک کشور ارائه شده است.