به منظور بررسی میزان تنوع ژنتیکی و تعیین ساختار ژنتیکی جمعیت های سیاه ماهی خالدار (Capoeta trutta) در دو حوزه آبریز واقع در استان کردستان از نشانگرهای بین ریزماهواره ای استفاده گردید. از شش آغازگر دی نوکلئوتیدی مورد استفاده، تنها در سه آغازگر (AG)9C، (GA)9C و (AC)9T باندهای واضح، تکرارپذیر و قابل امتیازدهی در شرایط واکنش PCR مورد استفاده مشاهده گردید. این سه آغازگر در مجموع تعداد 56 باند تکرار پذیر در شش جمعیت مورد مطالعه تولید نمودند که درصد پلی مورفیسم در جمعیت رودخانه های سیروان، گاوه رود، قشلاق، از حوزه سیروان و رودخانه های چومان، گرماب و شوی از حوزه چومان به ترتیب 00/80، 98/82، 61/82، 71/85، 60/79 و 49/80 تعیین گردیدند. میزان هتروزیگوسیتی در جمعیت های مورد بررسی متوسط تا زیاد برآورد گردید. شاخص های تنوع ژنتیکی درون جمعیتی در جمعیت چومان به طور معنی دار بیشتر از سایر جمعیت های مورد مطالعه بود. نتایج تجزیه واریانس مولکولی نشان داد که حدود 89 درصد تنوع ژنتیکی مربوط به درون جمعیت ها بوده و تنها 11 درصد آن مربوط به تنوع بین جمعیتی می باشد. مقدار شاخص تثبیت (Fst) محاسباتی نشان دهنده میزان تمایز کم تا متوسط در شش جمعیت مورد بررسی است. با این وجود نتایج آزمون صحت، تمایز معنی داری بین جمعیت های مورد مطالعه نشان نداد. نتایج این تحقیق نشان می دهد که شرایط زیست و حفظ تنوع ژنتیکی برای گونه سیاه ماهی خالدار در دو زیستگاه سیروان و چومان در حد متوسط می باشد.
