در این پژوهش، از مارکر بین ریز ماهواره (ISSR) جهت بررسی تنوع ژنتیکی جمعیت سیاه ماهی خالدار(Capoeta trutta) در استان کردستان استفاده شد. 6 آغازگر دی نوکلئوتیدی (AG)9C، (GA)9C، (AC)9T، (CA)9T، (GT)9C و (TG)9C طراحی گردید. از شش آغازگر مورد استفاده تنها در سه آغازگر (AG)9C،(GA)9C و(AC)9T باندهای واضح، تکرار پذیر و قابل امتیازدهی در شرایط واکنش PCR مورد استفاده مشاهده شد. در مجموع 115 نمونه متعلق به شش جمعیت با استفاده از سه پرایمر مورد مشاهده قرار گرفتند. این سه آغازگر در مجموع تعداد 56 باند تکرار پذیر در شش جمعیت مورد مطالعه تولید نمودند که درصد پلی مورفیسم در جمعیت رودخانه های سیروان، گاوه رود، قشلاق، چومان، گرماب و شوی به ترتیب 29/64%، 64/69%، 86/67%، 71/85%، 64/69% و 93/58% به دست آمد. مجموع تعداد لوکوسها و تعداد لوکوسهای پلی مورف از هر پرایمر در محدوده 21-16 و 18-14 بود. میانگین هتروزیگوسیتی در جمعیت های سیروان، گاوه رود، قشلاق، چومان، گرماب و شوی به ترتیب 11%، 14%، 13%، 21%، 13% و 10% بود. مقایسه این شش جمعیت نشان دهنده تفاوت معنی داری در تنوع ژنتیکی، شامل حداقل تعداد از مجموع لوکوسها (05/0P≤)، حداقل تعداد از مجموع لوکوسهای پلی مورف (05/0P≤)، حداقل تعداد ژنوتیپ ها (05/0P≤) و شاخص شانون (05/0P≤) بود. استفاده از تکنیک ISSR به عنوان ابزاری با حساسیت بالا و تکرار پذیر جهت مطالعه تنوع ژنتیکی جمعیت سیاه ماهی خالدار(Capoeta trutta) مشخص شد. نتایج شاخص های تنوع ژنتیکی، هتروزیگوسیتی، شاخص شانون، آلل مشاهده شده و آلل موثر در جمعیت های مورد بررسی نشان دهنده وجود تنوع متوسط در جمعیت های مورد بررسی می باشد.