بهمن بهرام نژاد

استفاده از siRNA ها روشی قدرتمند برای خاموش کردن ژن های هدف می باشد. siRNA ها این توانایی و پتانسیل را دارند که برای خاموش کردن اختصاصی ژن های ویروس vein banding در گیاهان میزبان این ویروس از جمله توت فرنگی مورد استفاده قرار گیرند و در نتیجه این گیاهان نسبت به ویروس مربوطه مقاومت پیدا کنند. چالشی که در اینجا وجود دارد طراحی siRNAهای است که بتوانند بدون در نظر گرفتن تنوع ژنتیکی در ایزوله های مختلف ویروس مورد نظر باعث خاموش شدن ژن های ویروس شوند و همچنین این siRNA ها باید به گونه ی طراحی شوند که ژن های خود گیاه را خاموش نکنند.در این مطالعه siRNA ها بر اساس مناطق بسیار حفظ شده ژن کد کننده پروتئین کت ویروسی از جدایه های مختلف ویروس (Strawberry vein banding virus (SVBV که آلوده کننده توت فرنگی می باشد، طراحی شد. برای طراحی siRNA با شرایط مذکور از نرم افزارهای طراحی کننده siRNA یعنی Ambion و IDT استفاده شد.در نهایت جستوجوی متقابل در ژنوم گیاه توت فرنگی با استفاده از BLAST تائید کرد که siRNA های طراحی شده هیچ مشابهتی در ژنوم گیاه ندارند.بدین ترتیب siRNA ها مورد نظر برای ژن کد کننده پروتئین کت که یک ژن بسیار ضروری برای ویروس SVBV می باشد طراحی شد، که می تواند مقدمه ی باشد برای مقاومت عمومی توت فرنگی نسبت به SVBV.