بهمن بهرام نژاد

پروتئین های آرگونات به عنوان جزئی جدایی ناپذیر از تمام small RNAهای شناخته شده می باشند که فعالیت برشی اندونکلئولیتیکی، برای بسیاری از آنها ثابت شده است.گیاه لوبیا یکی از چندین گیاهی می باشد که اخیرا تعیین توالی شده است و اطلاعات مربوط به ژنوم آن در دسترس می باشد، از این رو گزینه ی مناسبی برای اغلب تحقیقات بیوانفورماتیکی می باشد. هدف از این تحقیق مطالعه بیوانفورماتیکی پروتئین های آرگونات موجود در گیاه لوبیا با استفاده از ابزارها و روش های بیوانفورماتیکی می باشد. ابتدا توالی های آمینواسیدی پروتئین های آرگونات گیاه لوبیا و آرابیدوپسیس از پایگاه اطلاعاتی مورد نظر دریافت شد، سپس با استفاده از نرم افزار clustalW ،همردیفی توالی های صورت گرفت، در ادامه با استفاده از نرم افزار boxshade نواحی حفظ شده این توالی ها به صورت ملموس تر نشان داده شد. سپس دامنه ها ، درخت فیلوژنی و ساختار سه بعدی برخی از این پروتئین ها مشخص شد و در انتها با استفاده از نرم افزار clc main workbench بررسی های بیشتری روی این پروتئین ها انجام شد. این تحقیق نشان داد که لوبیا دارای 16 پروتئین آرگونات می باشد ، پروتئین های آرگونات موجود در گیاه لوبیا به طور کلی دارای سه دامنه اصلی به نام های PAZ، MID و PIWI می باشند و این پروتئین ها هنگام رسم درخت فیلوژنی در سه دسته مجزا قرار می گیرند که نشان از حفظ شدگی این پروتئین ها در گونه های مختلف گیاهی می باشد