براورد تنوع ژنتیکی دارای اهمیت است زیرا کاهش تنوع ژنتیکی ممکن است موجب آسیب پذیری شدید محصولات زراعی در برابر تنش های محیطی از قبیل شوری، خشکی، سرما، گرما و همچنین آفات و بیماریها شود. در این پژوهش، تنوع ژنتیکی 73 اکوتیپ گندم سرداری توسط مارکر AFLP مورد بررسی قرار گرفتند. به طور تقریبی لز 10863 مارکر AFLP ایجاد شده، 7072 مورد پلی مورفیسم نشان دادند(با میانگین درصد پلی مورفیسم 97/73%). تشخیص باندها با استفاده از نرم افزارهای CroosCheker و ویرایش دستی انجام شد. پس از تشکیل ماتریس تشابه، تجزیه داده ها با استفاده از نرم افزار 02/2 NTSYS-pc ver و به روش تجزیه خوشه ای انجام گرفت(8). جهت محاسبه تشابه ژنتیکی میان کولتیوارها از ضریب همبستگی جاکارد و روش UPGMA استفاده شد. تجزیه وتحلیل انجام شده توسط برنامه Popgene نشان داد که میانگین تنوع ژنی (± انحراف معیار) میان اکوتیپ ها در این جفت پرایمر 1771/0± 2295/0 و تعداد و درصد جایگاه های پلی مورفیسم به ترتیب 158 و 48/72% بوده است. نتایج تنوع ژنتیکی بالایی را میان کولتیوارها نشان داد، در نتیجه می توان از این کولتیوارها جهت معرفی ژن های جدید در داخل خزانه ژنی گندم نان استفاده کرد. رابطه منطقی بین داده های حاصل از آنالیز مولکولی و داده های مورفولوژیک در دسترس این ارقام وجود نداشت. مقایسه برآوردهای تنوع ژنتیکی بر اساس مارکر AFLPدر انواع گیاهان ازجمله گندم سرداری اطلاعات مهمی را جهت اصلاح آنها فراهم می کند بنابراین تجزیه و تحلیل AFLP یک تکنولوژی مفید برای ارزیابی تنوع ژنتیکی میان کولتیوارهای گندم می باشد