اهمیت برآورد تنوع ژنتیکی به این دلیل است که کاهش تنوع ژنتیکی ممکن است موجب آسیب پذیری شدید محصولات زراعی در برابر تنش های محیطی، آفات و بیماری ها و در نتیجه کاهش عملکرد شود. در این پژوهش، تنوع ژنتیکی 73 اکوتیپ گندم سرداری توسط نشانگر به طور تقریبی 2431 EcoRI:MseI مورد بررسی قرار گرفت. سه جفت ترکیب آغازگر AFLP ایجاد نمود که 1582 مورد آن چندشکلی نشان داد (با میانگین درصد چندشکلی AFLP نشانگر %73/92 ). جهت محاسبه تشابه ژنتیکی میان اکوتیپ ها از ضریب همبستگی جاکارد و روش استفاده شد. اکوتیپ ها درسطح تشابه 62 درصد در 8 گروه قرار گرفتند. UPGMA گروه بندی نتایج، تنوع ژنتیکی بالایی را میان اکوتیپ ها نشان داد، و می توان از این اکوتیپ ها جهت معرفی ژن های جدید در خزانه ژنی گندم نان استفاده نمود. همچنین به دلیل تنوع ژنتیکی بالای بدست آمده در بین این اکوتیپ ها، نتیجه گرفته شد که گندم سرداری احتمالاً یک رقم نیست بلکه توده ای از اکوتیپ ها می باشد و در پژوهش های آینده می توان اکوتیپ های برتر را شناسایی و جایگزین این توده از اکوتیپ ها نمود. همچنین نتایج نشان داد که تجزیه و تحلیل روشی مفید برای ارزیابی تنوع ژنتیکی میان اکوتیپ های گندم می باشد. AFLP