ژنهای کد کننده نشانگرهای انتخابی در انتقال موفق ژن به گیاهان یک امر ضروری به نظر می رسد. ژنهای مقاومت به آنتی بیوتیکها و علف کشها ازجمله شایع ترین ژنهای مورد استفاده در انتقال ژن به گیاهان از جمله شیکوری ریشه ای (کاسنی زراعی) می باشند. عمدتا به دلیل نگرانیهای عمومی نا شی از دارا بودن منشا باکتریایی ژنهای انتخابی وهمچنین تلاقی جنسی بین گیا هان تراریخته با گونه های دیگر، گیاهانی بدون داشتن ژنهای نشانگرهای انتخابی مقبولیت دارند. بنابراین توسعه روشهای تولید گیاهان عاری از این گونه ژنها ضروری به نظر می رسد. سیستم هایی از جمله انتقال همزمان دو ژن (ژن مطلوب مورد نظر و نشانگر انتخابی) (co-transformation) ، نوترکیبی درون کروموزومی (intrachromosomal homologous recombination) ، حذف ژن نشانگر انتخابی پس از مرحله غربالگری و عدم استفاده از ژنهای گزارشگر و عوامل انتخابی، به منظور اجتناب یا حذف ژن های نشانگر انتخابی در گیاهان تراریخت وجود دارد. بدین منظور آزمایشی جهت تولید گیاهان تراریخته بدون استفاده از عامل انتخابی برای کاسنی ریشه ای انجام شد. این روش ساده، ارزان و سریع است. پس از آغشته کردن ریز نمونه ها با آگروباکتریوم، هم کشتی و باززایی شاخساره در غیاب عامل انتخابی آنتی بیوتیک انجام شد. تراریخته بودن گیاهان حاصل، توسط آغازگرهای اختصاصی و با کمک واکنش PCR مورد ارزیابی قرار گرفت. نهایتا به طور متوسط چهل و چهار درصد گیاهان باززایی شده تراریخت بودند. همچنین ﺑﻴﺎن ژن gus در ﮔﻴﺎﻫﺎن ﺗﺮارﻳﺨﺖ ﺑﺎززاﻳﻲ ﺷﺪه ﺑﺎ اﺳﺘﻔﺎده از ﺗﻜﻨﻴک RT-PCR ﺗﺎﻳﻴﺪ ﺷﺪ.
