به منظور تعیین دقیق مسیرهای متابولیک و تشخیص واکنش های فیزیولوژیک که تحت تأثیر یک ماده مغذی و یا فرآیند فیزیولوژیک مانند استرس، بیماری، تغییرات ژنتیکی و سایر فعالیت های صورت گرفته بر روی آبزیان به منظور بهبود رشد و ایمنی آبزی، قرار می گیرند می توان از روش های بررسی بیان ژن ها استفاده نمود. تکنیک های پروتئومیکس، ژنومیکس و متابولومیکس روشهای مناسبی هستند که در دهه اخیر بسیار مورد استفاده قرار می گیرند و امکان مطالعه ای جامع در سیستم های بیوشیمیایی را فراهم می کنند. پروتئومیکس به عنوان یک روش مؤثر در مطالعات مقایسه ای می باشد و به سؤالات مختلف در آبزی پروری از جمله رفاه، تغذیه، سلامتی و کیفیت پاسخگو می باشد. پروتئومیکس به عنوان ابزاری قدرتمند در درک عمیق زیست شناسی موجودات آبزی شناخته شده است و به آبزی پروری برای رسیدن به هدف عمده اش که بالاترین تولید و و بهترین کیفیت می باشد، کمک می کند.