میکروسکوپ فلوئورسنس بازتابش کلی، برمیدان میرا استواراست. هنگام بازتابش کلی نور از مرز مشترک شیشه و محیط فوقانی آن، میدانی میرا در مرزمشترک تولیدمی شودکه عمق نفوذ میدان میرا، حدود100 نانومتر است و تابعی از طول موج، ضرایب شکست شیشه و سطح فوقانی، و همچنین، زاویه تابش است. میدان میرا، نقاط تماس بین سلول و شیشه (زیرلایه) را می تواند تشخیص دهد. یکی از کاربردهای این میکروسکوپ، تشخیص نقاط تماس سلول با لایه زیرین، می باشد. تعیین اندازه گیری کمی تماسهای سلول و لایه زیرین، توسط این میکروسکوپ برای دانشمندان، خیلی جذاب نبوده است و به مدلهای ریاضی پیچیده و روشهای تجربی مشکل منجر شده است. ما یک روش جدید، برای اندازه گیری این فواصل تماس تا زیرلایه را، کشف کرده ایم که اساس آن، روی تغییردرعمق نفوذ میدان میرا با تنظیم زاویه فرودی برای هردو مد مربوط به میدان های الکترومغناطیسی، بیان می شود که نسبت به روش های دیگر ساده تر و دقیق تر است. به طورخلاصه دراین روش، با تغییر زاویه فرودی بزرگتراز زاویه حد شیشه ومحیط فوقانی آن، عمق نفوذ محاسبه می گردد و نمودار شدت میدان میرا برحسب فاصله از مرز مشترک در عمق نفوذثابت بدست می آید. ازتقاطع خطوط موازی محورشدت با هر یک از منحنی ها در فواصل مختلف (5 نانومتر،10 نانومتر،15 نانومتر...، 150 نانومتر)، مقادیرشدت در زوایای فرودی محاسبه می شوند و نمودار شدت میدان میرا بر حسب زاویه تابش، برای هر دو مد sوp رسم می شود. نمودار هر یک از منحنی ها برحسب زاویه تابش، مربوط به یک فاصله خاص می باشد. همچنین ازتفاضل شدتهای بدست آمده در زوایای تابش و قدرمشترک آنها، ارتباط ما بین فاصله نقاط سلول از زیرلایه و تفاضل شدتها برای هر دو مد sوp بدست می آید. این روش، مستقل از بعضی پارامترهای آزمایش است و اجرای آن درعمل نیز، ساده است. با گرفتن تصاویر نقاط تماس برای هر دو مد sوp، و محاسبه شدت نور هرنقطه تماس، نمودار شدت برحسب زاویه تابش را می توان رسم کرد. پس از مقایسه نتایج تجربی با نظری، می توان فاصله سطح سلول تا شیشه را اندازه گرفت.
