تجزیه شجره ابزاری مفید برای بررسی ساختار جمعیت، تنوع ژنتیکی و تاریخچه جمعیتی است. در این پژوهش به منظور پایش ساختار شجره بزهای مرخز از تعداد 5726 رکورد جمع آوری شده در ایستگاه پرورش و اصلاح نژاد بز مرخز سنندج، طی سال های 1366 تا 1395 استفاده شد. خطایابی و آمار توصیفی شجره با برنامه CFC، تخمین اندازه مؤثر جمعیت و فاصله نسل با بسته نرم افزاری ENDOG و بررسی روند تغییرات همخونی با استفاده از نرم افزارEVA انجام شد. نسبت قابل توجهی از جمعیت بز مرخز (معادل 54.3 درصد جمعیت) همخون بود. میانگین رابطه خویشاوندی و میانگین همخونی در کل جمعیت به ترتیب 2.61 و 2.68 درصد برآورد شد که نشان داد سطح همخونی در جمعیت بیشتر از حد مورد انتظار است. اندازه موثر افراد جمعیت بنیانگذار برابر 80.65 حیوان برآورد شد که بیانگر مشارکت نامتوازن حیوانات جمعیت پایه در تولیدمثل بود. روند تغییرات همخونی نامطلوب و افزایشی بود که می تواند ناشی از بسته بودن جمعیت و استفاده نامحدود از شمار اندکی از والدین باشد. فاصله نسل جمعیت کل 3.23 سال و فاصله نسل جمعیت بنیانگذار 5.73 سال محاسبه شد که بیانگر سرعت بیشتر جایگزینی حیوانات در نسل های اخیر است. اندازه مؤثر جمعیت بز مرخز معادل 60.41 حیوان برآورد شد و به حداقل تعداد افراد پیشنهاد شده برای یک جمعیت بهینه (یعنی50 فرد) نزدیک بود. نتایج بیانگر همخونی بالا و افت تنوع ژنتیکی در جمعیت است و پیشنهاد می شود برنامه های حفاظتی، جایگزین برنامه های اصلاحی در بز مرخز شوند.
