حفظ تنوع ژنتیکی به منظور تغیرات تکاملی در ژنتیک حفاظت اهمیت ویژه ای دارد. همچنین برای پاسخ بلند مدت به انتخاب در برنامه های اصلاحی، حفاظت و مدیریت تنوع ژنتیکی یک ضرورت است. اندازه موثر جمعیت به عنوان یکی از ابزارهای مدیریت تنوع ژنتیکی است و تاریخچه ژنتیکی جمعیت در طی زمان را نشان می دهد. اتحادیه بین المللی حفاظت از محیط زیست (IUCN) اندازه جمعیت را به عنوان یک معیار کلیدی در تعیین گونه های در معرض خطر انقراض مورد استفاده قرار می دهد. این پژوهش با هدف برآورد اندازه موثر جمعیت، همخونی و مطالعه ساختار جمعیت بزهای مرخز با کمک تجزیه شجره انجام شد. برای این منظور اطلاعات شجره مربوط به 5263 حیوان که طی سال های 1368 تا 1393 توسط ایستگاه پرورش و اصلاح نژاد بز مرخز شهرستان سنندج ثبت شده بود، مورد استفاده قرار گرفت. تعداد حیوانات همخون در جمعیت 2758 رأس بود و میانگین ضریب همخونی در کل جمعیت 2.73 درصد، در جمعیت همخون 5.21 درصد و بیشترین و کمترین میزان همخونی به ترتیب 31.25 و 0.01 درصد برآورد شد. تعداد افراد و اندازه موثر جمعیت پایه به ترتیب شامل 349 حیوان و معادل 69.36 حیوان بود. اندازه موثر جمعیت برای بز مرخز برابر 118.87 برآورد شد که اندازه چندان مطلوبی به حساب نمی آید. با توجه نتایج تحقیق حاضر پیشنهاد می شود برنامه های اصلاحی و حفاظتی این نژاد بازنگری و ارزیابی شود.
