ارزیابی ژنتیکی دام ها، با کمک معادلات مختلط آماری و با هدف دستیابی به ارزش ژنتیکی حیوانات انجام می شود. اطلاع از کواریانس ژنتیکی خویشاوندان و در دسترس بودن شجره کامل و صحیح حیوانات، از فرضیات و مواد مورد نیاز دستیابی به این معادلات است. به منظور اطلاع از روابط خویشاوندی میان حیوانات از اطلاعات شجره 100 گله بزرگ گاوهای شیری در دوره اول شیردهی تحت پوشش مرکز اصلاح نژاد دام ایران استفاده شد. اجداد حیوانات دارای رکورد توسط نرم افزار DMUTrace از فایل کلی مرکز اصلاح نژاد دام استخراج شدند و جمعیت شجره کامل به 382557 رأس رسید. با استفاده از نرم افزار R به صورت تصادفی سطوح 4، 8، 12، 16، 20، 24 درصد از مشخصات ثبت شده در شجره پدران با مشخصات سایر پدرها جابجا گردید. به منظور افزایش صحت از پنج تکرار استفاده شد. برای تعیین نرخ کامل بودن شجره بر رتبه بندی حیوانات، با استفاده از نرم افزار SAS همبستگی رتبه ای سپیرمن در چهار سطح از حیوانات برتر برآورد شد. طبق پارامترهای برآورد شده وراثت پذیری برای شجره ی کامل 0.28 برآورد شد که با افزایش نرخ خطا به طور جزئی به 0.27 کاهش یافت. نرخ همبستگی رتبه ای شجره ی دارای خطا برای جوامعی با 100، 1000 و 10000 حیوان برتر معنی دار بود (p<0.01). با افزایش نرخ خطا، نسبت اثربخشی انتخاب میان پدران برتر در شجره دارای خطا به طور معنی داری سیر نزولی داشت (P< 0.01).