هدف از مطالعه حاضر مقایسه تفاوت صحت انتخاب ژنومی برای روش های BLUP سنتی، G-BLUP و روش تک مرحله ای یا SS-BLUP برای صفات تولید شیر، مقدار چربی، مقدار پروتئین و تعداد سلول های سوماتیک شیر در گاوهای هلشتاین ایران بود. در این مطالعه از رکوردهای مربوط به داده های ژنومی 345 راس گاو هلشتاین ایران که با کمک تراشه نشانگری50 کیلوبازی شرکت ایلومینا تعیین ژنوتیپ شده بودند، استفاده شد. ارزش های اصلاحی ژنومی برای صفات مورد مطالعه به کمک نرم افزار MIXBLUP برآورد شدند. نتایج حاصل نشان داد که میانگین صحت پیش بینی ژنومی روش های BLUP سنتی، G-BLUP و SS-BLUP به ترتیب برابر با 0.39، 0.47 و 0.54 بود. دامنه برآورد صحت از 0.32 برای صفت تعداد سلول های سوماتیک شیر در روش BLUP سنتی تا 0.59 برای صفت تولید شیر در روش SS-BLUP متفاوت بود. صحت پیش بینی ژنومی روش SS-BLUP نسبت به روش G-BLUP برای صفات تولید شیر، مقدار چربی، مقدار پروتئین و تعداد سلول های سوماتیک شیر به ترتیب 0.1، 0.07، 0.09 و 0.07 و نسبت به روش BLUP سنتی 0.16، 0.14، 0.17 و 0.14 بیش تر برآورد شد. میانگین مربعات خطای پیش بینی در روش SS-BLUP برای تمام صفات مورد مطالعه نسبت به دو روش دیگر کمتر بود. ضرایب رگرسیون پیش بینی ژنومی برای روش های BLUP سنتی، G-BLUP و SS-BLUP به ترتیب 0.77، 0.88 و 0.94 به دست آمد. به طور کلی نتایج این مطالعه نشان داد که با توجه به بالا بودن صحت پیش بینی ژنومی روش تک مرحله ای نسبت به دو روش دیگر و هم چنین اریب کمتر آن در صفات مورد مطالعه، استفاده از روش تک مرحله ای در مقایسه با دو روش دیگر، برای پیش بینی ارزش های اصلاحی ژنومی در صفات تولیدی برای گاوهای هلشتاین ایران توصیه می شود.