با تکمیل پروژه توالی یابی ژنوم انسان (Human Genome Project) و پیشرفت های چشمگیر در تکنولوژی ژنوتیپ کردن چندشکلی های تک نوکلئوتیدی (SNP) در سطح ژنوم با هزینه کم و سرعت و دقت بالا، این امکان فراهم شده است که بتوان انتخاب بر پایه نشانگر (MAS) را در یک مقیاس وسیع ژنومی استفاده نمود که به این روش، اصطلاحا انتخاب ژنومیک (Genomic Selection) گفته می شود. در واقع انتخاب ژنومیک پس از آنکه در سال 2007 شرکت ایلومنیا (Illumina) چیپ های 50000 تایی SNP گاوی را عرضه نمود، از تئوری به واقعیت پیوست. اولین ارزیابی ژنومیک عمومی گاوهای نر توسط وزارت کشاورزی آمریکا در ژانویه 2009 رسماً اعلام گردید. انتخاب ژنومیک بر این فرض استوار است که کلیه QTL های موثر بر صفات مورد نظر در حالت عدم تعادل پیوستگی با حداقل یک SNP بوده و بنابراین ارزش اصلاحی حیوان با ارزیابی همزمان تعداد زیادی از نشانگرها در سطح کل ژنوم و حاصل جمع اثرات آنها برآورد می گردد. محاسبه ارزشهای اصلاحی ژنومی نیازمند برآورد اثرات نشانگرها در شماری از حیوانات یک جمعیت بوده که هم دارای اطلاعات فنوتیپی و هم دارای ژنوتیپ نشانگرها هستند و به آنها جمعیت مرجع گفته می شود. در مرحله بعدی، اثرات برآورد شده نشانگرها در جمعیت مرجع برای محاسبه ارزش اصلاحی ژنومی حیوانات کاندید انتخاب در جمعیت تایید که فقط دارای اطلاعات نشانگری هستند، استفاده می شوند. در صنعت گاو شیری، نتایج تحقیقات نشان داده اند که میزان صحت ارزیابی ژنومیک برای صفات تولیدی بیش از 80 درصد و برای صفات باروری و ماندگاری بیش از 70 درصد است. از طرفی انتخاب ژنومیک فاصله نسل را کاهش داده و به علت توانایی در ارزیابی تعداد بیشتری دام، میزان پیشرفت ژنتیکی را افزایش و درصد بالایی در هزینه های اصلاح نژادی صرفه جویی می کند.
