استفاده از تجزیه شجره به عنوان ابزاری مفید برای مطالعه ساختار و تاریخچه جمعیت به حساب می آید. این پژوهش با هدف برآورد همخونی، اندازه موثر جمعیت و مطالعه ساختار جمعیت بزهای مرخز با کمک تجزیه شجره انجام شد. اطلاعات شجره مربوط به 4796 حیوان که طی سالهای 1392تا 1370توسط ایستگاه پرورش و اصلاح نژاد بز مرخز شهرستان سنندج ثبت شده بود، برای برآورد همخونی و فاصله نسل مورد استفاده قرار گرفت. تعداد حیوانات همخون 2499 رأس بود. میانگین ضریب همخونی در کل جمعیت 2.74 درصد، در جمعیت همخون 5.25 درصد و بیشترین و کمترین میزان همخونی بترتیب 31.25 و 0.02 درصد برآورد شد. اندازه موثر جمعیت برابر 110.41و فاصله نسل برابر 3.22 سال برآورد شد. جمعیت پایه شامل 340حیوان و اندازه موثر این جمعیت 62.55 بود.