بر اساس گزارش مرکز آمار ایران حدود 89% از شیر تولیدی و 43% از گوشت قرمز تولیدی در کشور، توسط گاو تأمین می شود. بررسی روند تغییرات تعداد انواع گاو و گوساله نشان می دهد جمعیت گاو بومی کشور به تدریج کاهش و جمعیت آمیخته و اصیل در حال افزایش است. اصلاح نژاد گاو شیری در ایران، زیر نظر مرکز اصلاح نژاد دام و بهبود تولیدات دامی کشور، وابسته به معاونت امور دام وزارت جهاد کشاورزی اجرا می گردد. در این مرکز، ارزیابی ژنتیکی در گاو هلشتاین و برای صفات تولید شیر، مقدار چربی شیر، درصد چربی شیر، سخت زائی و صفات تیپ انجام می شود. هر چند که تولید شیر در گاوهای هلشتاین ایران به صورت ماهیانه رکوردبرداری و ثبت می شود اما تقریباً تمام ارزیابی های ژنتیکی صفات تولیدی در گاوهای شیری با کمک رکوردهای 305 روز انجام می شود. همچنین با وجود آنکه نزدیک به 50 سال از پرورش و اصلاح نژاد گاو هلشتاین در کشور می گذرد و بخش قابل توجهی از اسپرم های مصرفی صنعت گاو شیری، منشاء خارجی دارند، اما ایران هنوز به سامانه ارزیابی های بین المللی گاوهای شیری که توسط مرکز اینتربول در کشور سوئد انجام می شود، وارد نشده است. از موفقیت های بخش اصلاح نژاد گاو، مرکز تولید مواد ژنتیکی گاوهای شیری و گوشتی ایران است که فعالیت خود را از 1375 در کرج شروع کرده است و سالیانه حدود 2 میلیون پایوت اسپرم تولید و در سراسر ایران پخش می کند. به طور کلی در اصلاح نژاد گاو شیری برای صفات تولیدی پیشرفت ژنتیکی قابل قبولی حاصل شده است اما برای صفات تولید مثلی و عملکردی نتایج نامطلوب است. یکی از مهمترین چالش های اصلاح نژاد گاو شیری در حال حاضر آمیخته گری گاوهای بومی با نژادهای خارجی است و پیشنهاد می شود مطالعات بیشتری در این زمینه انجام بگیرد. از فرصت های پیش رو اصلاح نژاد گاو شیری نیز می توان به انتخاب ژنومیک اشاره نمود که انتظار می رود پیشرفت ژنتیکی بالاتری به همراه داشته باشد.
