انتخاب ژنومی یک ابزار جدید برای برآورد ارزش های اصلاحی صفات کمی با استفاده از نشانگرهای مولکولی می باشد. معیار کارایی انتخاب ژنومی، صحت پیش بینی ارزش های اصلاحی ژنومی می باشد. هدف از این مطالعه تدوین استراتژی انتخاب ژنومی بر اساس مدل های پارامتری و ناپارامتری برای صفات تولیدی در گاوهای هلشتاین ایران بود. در مرحله اول، صحت پیش بینی ژنومی روش های پارامتری و ناپارامتری در 345 رأس گاو نر هلشتاین مورد مقایسه و بررسی قرار گرفت. صفات مورد مطالعه شامل مقدار شیر، میزان چربی، میزان پروتئین و تعداد سلول های سوماتیک شیر بود. چهار روش پارامتری بهترین پیش بینی نا اریب خطی ژنومی (G-BLUP)، بیز A، B، Cπ و روش نیمه پارامتری فضای هیلبرت با هسته ی بازآفرین (RKHS) و ناپارامتری شبکه های عصبی (NN) برای برآورد اثرات نشانگرها و پیش بینی و صحت ارزش های اصلاحی ژنومی استفاده شدند. صحت پیش بینی ژنومی در دامنه 0.39 (برای سلول های سوماتیک شیر) تا 0.73 (برای میزان چربی) بدست آمد. در مقایسه با کلیه روش ها صحت روش بیز B نسبت به سایر روش ها بیشتر بود. از طرف دیگر، واریانس غالبیت ممکن است منبع مهمی از واریانس ژنتیکی غیرافزایشی برای بسیاری از صفات در گاوهای شیری باشد. این اثر معمولاً در هنگام استفاده از پیش بینی ژنومی به کمک نشانگرهای مولکولی در صفات پیچیده در مدل های دام نادیده گرفته می شود. در مرحله دوم از یک مدل G-BLUP که شامل اثرات افزایشی و غالبیت بود، برای برآورد واریانس افزایشی و غالبیت استفاده گردید. نتایج این قسمت از مطالعه نشان داد که در مدلی که شامل اثرات غالبیت و افزایشی بود، وراثت پذیری افزایشی برای صفات فوق به ترتیب 0.162، 0.197، 0.201 و 0.064 و وراثت پذیری غالبیت برای این صفات به ترتیب 0.023، 0.007، 0.008 و 0.009 برآورد شدند. صحت انتخاب ژنومی در مدل دارای اثر غالبیت نسبت به مدلی که این اثر را نداشت برای صفات فوق به ترتیب 0.03، 0.05، 0.06 و 0.04 بیشتر بدست آمد. در مرحله سوم، اثرات متقابل ژنوتیپ و محیط برای گاوهای هلشتاین در شرایط ایران و آمریکا مورد بررسی قرار گرفت و این اثر برای صفات مورد مطالعه معنی دار برآورد نشد. در این مطالعه با توجه به افزایش صحت پیش بینی های ژنومی در مقایسه با روش رایج می توان گفت که انتخاب ژنومی می تواند یک استراتژی سودمند برای رسیدن به هدف انتخاب برای صفات تولید