ارزیابی ژنتیکی دام ها، با کمک معادلات مختلط آماری و با هدف دستیابی به ارزش ژنتیکی حیوانات انجام می شود. اطلاع از روابط خویشاوندی و فراهم بودن شجره کامل و صحیح حیوانات، یکی از فرضیات و مواد مورد نیاز این معادلات است. هدف از انجام این تحقیق ارزیابی ژنتیکی و رتبه بندی حیوانات با استفاده از دو شجره ی کامل و ناقص در جمعیت گاوهای شیری ایران بود. اطلاعات داده و شجره 100 گله بزرگ گاوهای شیری تحت پوشش مرکز اصلاح نژاد دام ایران، شامل 302860 رأس گاو شیری در دوره ی اول شیردهی مورد استفاده قرار گرفت. شماره های ثبت شده ی دام، پدر و مادر موجود در فایل رکورد به عنوان شجره ی ناقص اعمال شد. به منظور تهیه ی فایل شجره، اجداد حیوانات دارای رکورد توسط نرم افزار DmuTrace از فایل کلی مرکز اصلاح نژاد دام ردیابی و استخراج شدند. رکوردهای ویرایش شده به همراه هر دو نوع شجره ی ناقص و کامل برای ارزیابی ژنتیکی به کار گرفته شدند. برای تعیین اثر نرخ کامل بودن شجره بر رتبه بندی حیوانات، با استفاده از نرم افزار SAS همبستگی رتبه ای سپیرمن در چهار سطح 10، 100، 1000 و 10000 رأس حیوانات برتر برآورد شد. پارامترهای برآورد شده تحت تأثیر نرخ کامل بودن شجره قرار گرفت و وراثت پذیری برای شجره ی کامل و ناقص به ترتیب 29/0 و 28/0 برآورد شد. نرخ همبستگی رتبه ای در جامعه ی با 10 حیوان برتر غیر معنی دار ولی با 100، 1000 و 10000 حیوان برتر معنی دار بود (P<0.001). نتایج نشان داد عدم تکامل و نقص شجره سبب برآورد اریب پارامترهای ژنتیکی و تغییر در رتبه بندی حیوانات می شود.
