هدف اصلی این مقاله ارزیابی تطبیقی عملکرد جامع گمرکات با استفاده از مدل کارت امتیازی متوازن و مطالعه موردی نیز گمرکات استانهای کردستان، کرمانشاه و آذربایجان غربی برای سالهای 1390-1386 می باشد. نمونه انتخابی نیز کارکنان و مشتریان گمرکات فوق الذکر می باشد، که 280 نفر از کارکنان و 384 نفر از مشتریان بعنوان نمونه انتخاب شدند. داده های مورد استفاده در تحقیق با استفاده از منابع کتابخانه ای، اطلاعات واقعی موجود در گمرکات و پرسشنامه محقق ساخته گردآوری گردیدکه به این منظور سه پرسشنامه یکی برای مشتریان و دو پرسشنامه برای کارکنان توزیع گردید. روشهای آماری استفاده شده در این تحقیق ترکیبی از دو روش آمار توصیفی و استنباطی استفاده شد که در بخش آمار توصیفی از شاخصهای میانگین و انحراف معیار و در بخش آمار استنباطی نیز از آزمون کولموگروف اسمیرنوف، T-Test تک نمونه ای، آنالیز واریانس و آزمونهای تعقیبی به روش توکی استفاده گردید. یافته های تحقیق دلالت بر مناسب بودن سطح رضایت مشتریان و کارکنان از عملکرد گمرکات استانهای فوق الذکر دارد. همچنین در بعد فرایندهای داخلی، مالی، رشد و یادگیری بین استانهای مورد بررسی استان آذربایجان غربی در رتبه اول، کرمانشاه در رتبه دوم و استان کردستان در رتبه سوم جای دارد. در بعد مشتریان آذربایجان غربی در رتبه اول، کردستان در رتبه دوم، کرمانشاه در رتبه سوم قرار دارد.