با مشاهده ماشینهای مولکولی متعدد در دنیای زیستی و سیستم غنی از اطلاعات در هسته سلول استنتاج میکنیم که هوش در ایجاد آن سیستم نقش ایفاء نموده است حتی اگر ما شاهد پیدایش آن سیستم نبوده باشیم . بر اساس ایده طراحی هوشمند جهان معقول ، منطقی ، قابل درک و طراحی شده بوسیله یک هوش برتر بوده و عقلانیتی در آن نهفته است. دانش و علم هدفی جز پی بردن به مبانی و اصول بکار برده شده در این طراحی هوشمند ندارند. این مبانی و اصول هنوز در حوزه زیست شناسی تکاملی تا حد زیادی ناشناخته باقی مانده و معمای تکامل همچنان پا برجاست. اگر جهان را مجموعه ایی تصادفی و آشفته بدون طرح و برنامه در نظر بگیریم دلیلی ندارد که عقلانیت و منطقی را در آن انتظار داشته باشیم. ایده طرح هوشمند با زبان علم و ابزارهای آن استدلال می نماید و از حوزه های شناختی دیگر برای استدلال خود کمک نمی گیرد.
