خلاصه گیاهان گروه بزرگ و متنوعی از ترکیبات آلی را تولید می نمایند که مستقیماً در فرایندهای اولیه رشد و نمو درگیر نیستند. نقش هایی که این ترکیبات طبیعی یا متابولیت های ثانویه در گیاهان ایفا می نمایند در سالهای اخیر در متون تحلیلی مورد توجه قرار گرفته اند. به نظر می رسد ترکیبات طبیعی در درجه اول در برابر شکارگرها و عوامل بیماریزا نقش دفاعی داشته همچنین به عنوان جذب کننده گرده افشان ها و دانه پراکن ها در تولیدمثل و تکثیر گیاهان ایفای نقش می نمایند. همچنین این ترکیبات ممکن است به عنوان سموم در برابر گونه های رقیب دارای مزایای رقابتی باشند. بیشتر ترکیبات طبیعی را می توان در سه گروه طبقه بندی نمود: ترپنوئیدها، آلکالوئیدها و ترکیبات فنلی (عمدتاً فنیل پروپانوئیدها)، ترپنوئیدها از واحدهای پنج کربنه (ایزوپرن) تشکیل شده اند. ایزوپرون ممکن است از مسیر استات/ موالونات و یا از مسیر گلیسرآلدئید 3 فسفات/ پیروات سنتز شود. برخی از ترپنوئیدهای گیاهی برای علفخواران به عنوان سموم و یا بازدارندۀ تغذیه عمل نموده و یا جلب کننده گروه های متنوعی از جانداران هستند. آلکالوئیدها اساساً از اسیدهای آمینه ساخته می شوند. این ترکیبات محتوی نیتروژن، گیاهان را در برابر جانوران علف خوار مختلف حفاظت نموده و برخی از آنها دارای اثرات دارویی مهمی هستند. ترکیبات فنلی که در درجه نخست از محصولات مسیر شکیمیک اسید ساخته می شوند، در گیاهان چندین نقش مهم را ایفا می نمایند. تانن ها، لیگنان ها، فلاوونوئیدها و تعدادی از ترکیبات فنلی ساده در مقابل عوامل بیماری زا و علفخواران به عنوان ترکیبات دفاعی نقش دارند. بعلاوه لیگنین ها دیواره های سلولی را از نظر مکانیکی استحکام می بخشند. برخی از رنگیزه های فلاوونوئیدی برای گرده افشان ها و دانه پراکن ها ترکیبات جلب کنندۀ مهمی هستند. برخی از ترکیبات فنلی دارای فعالیت آللوپاتیک و دگرآسیبی بوده و اثر معکوس بر رشد گیاهان مجاور دارند. از نگاه تکاملی، گیاهان در برابر علف خواری و تهاجم میکروبی سیستم دفاعی را توسعه بخشیده و جهت کمک به بقا و رقابت، ترکیبات طبیعی را تولید می نمایند. گیاهان دارای سیستم دفاعی بهتر و دارای قدرت رقابتی بیشتر، تکثیر بیشتر یافته و به همین دلیل پتانسیل و توانایی تولید و ذخیرۀ ایمن این گونه ترکیبات که از نظر اکولوژیکی مفید هستند، در سلسله گیاهان بطور گسترده ایجاد
