اغلب اعضای جنس Pythium به صورت ساپروفیت گزارش شده اند ولی برخی از گونه ها به عنوان انگل قارچ ها، گیاهان، حشرات، ماهی ها، حیوانات و انسان شناخته شده اند. اعضای بیماری زای این جنس علایمی از قبیل پوسیدگی بذر، مرگ گیاهچه، پوسیدگی نرم میوه و سبزی و پوسیدگی ریشه در گیاهان ایجاد می کنند. تفکیک و شناسایی گونه یک پیش نیاز برای بسیاری از مطالعات در زمینه اپیدمیولوژی، اکولوژی ، مدیریت بیماری و ژنتیک جمعیت است. به دلیل تنوع درون گونه ای، تشابه اندام ها در گونه های مختلف و عدم وجود ساختارهای جنسی در برخی گونه-ها، شناسایی ریختی گونه های این جنس بسیار مشکل است. امّا استفاده از روش های مولکولی مبتنی بر PCR می تواند به حل این مشکل کمک کند. بنابراین این تحقیق به منظور بررسی کارآیی نشانگر های ISSR و rep-PCR جهت تفکیک گونه های جنس پی تیوم انجام شد. آزمایش با 39 جدایه Pythium متعلق به 24 گونه شناسایی شده براساس توالی ناحیه ITS و بخشی از ژن coxI انجام گرفت. اثر انگشت ژنومی جدایه ها با استفاده از تکنیک ISSR با آغازگر های M13 و (GTG)5 و تکنیک rep-PCR با مجموعه آغازگر هایBOXA1R ،ERIC1/ERIC2 و REP1R/REP2I تعیین شد. تجزیه و تحلیل الگو های باندی به دست آمده با استفاده از نرم افزار NTSYSpc ver 2.1 و به روش UPGMA انجام شد. نتایج این بررسی نشان داد که آغازگر های BOX، REP و ERIC قادر به تفکیک گونه های Pythium مورد بررسی بودند. جدایه های گونه P. ultimum در دو گروه قرار گرفتند که حاکی از کمپلکس بودن این گونه است. نشانگر های M13 و (GTG)5 دو جدایه گونه Pythium sp.9 را در دو گروه مجزا قرار دادند ولی در مجموع بر اساس ترکیب داده های ISSR و rep-PCR جدایه های این گونه نیز در یک گروه در کنار هم قرار گرفتند. میزان تکرار پذیری این تکنیک ها در تفکیک گونه های جنس پی تیوم در این تحقیق بیشتر از 85% محاسبه شد.
