در عصر حاضر دستیابی به رشد اقتصادی از طریق ارتقای بهره وری از مهمترین اهداف اقتصادی کشورها به شمار می رود. ارتقای بهره وری طی استفاده بهینه از عوامل تولید حاصل می گردد و باعث رشد اقتصادی مستمر و تولید پایدار می شود. با توجه به نقش مهم بانک ها در توسعه کشور و هم چنین تعدد شعب آن ، ارزیابی بهره وری شعب بانک از اهمیت ویژه ای برخوردار است. تحلیل پوششی داده ها یکی از ابزارهای مفید در زمینه ارزیابی بهره وری است. به همین خاطر در این تحقیق از مدلDEA دو مرحله ای برای ارزیابی کارایی، اثربخشی و بهره وری سیستم بانکی استفاده می شود. فرآیند دو مرحله ای خصوصیتی انحصاری دارد، که مرحله اول از ورودی هایی استفاده کرده و خروجی هایی را تولید می کند که این خروجی ها، ورودی های مرحله دوم را تشکیل می دهند. سپس مرحله دوم با استفاده از اندازه های واسطه یا تولیدات میانی، خروجی های نهایی سیستم را تولید می نماید. مراحل مختلف رتبه بندی بر اساس روش کاردینالیتی نسبی برای سنجش کارایی، اثربخشی و بهره وری سیستم بانکی با ساختار سری که فرآیندهای واسطه ای را نیز در بر می گیرد استفاده خواهد شد. در خاتمه یک مثال واقعی از سیستم بانکی برای نشان دادن کاربرد تحقیق بیان شده و نتایج بدست آمده با استفاده از نرم افزار GAMS ارائه می شود.